广东自然科学基金委员会是自然科学基金委与广东省人民政府联合展开的，其成立的目的在于吸引和凝聚全国各地优秀科学家，解决广东及周边区域经济、社会、科技未来发展中具有共性的重大科学问题和关键技术问题，从而促进广东及周边地区经济的发展以及人才建设。 为了支持广东省的基础性研究项目，广东省科学技术委员会于1987年设立了广东省科委科学基金项目，科学基金项目经费从科技三项经费中支出。
为了稳定广东省的基础性研究队伍，增强广东省科技、经济的发展动力，从1993年起，在保持广东省科委科学基金项目的基础上，省委、省政府从科技专项中拨出专款，设立了广东省自然科学基金项目(这两个基金项目合并统称为广东省自然科学基金项目)。同年，成立了广东省自然科学基金管理委员会，作为广东省自然科学基金项目的管理协调机构。
办公室设在广东省科技厅社会发展与基础研究处，负责日常事务工作。广东省自然科学基金管理委员会的成立，有力地加强了广东省的基础研究的组织管理，促进了广东省自然科学基础研究的开展。 广东自然科学基金委员会作为原始创新“源泉”与人才培养“摇篮”的基础研究工作，一直得到广东省委省政府高度重视。
今年初，在全国科技大会召开期间，广东省省长黄华华、副省长宋海、省科技厅厅长谢名权等，代表广东省人民政府与国家自然科学基金委员会签订了《国家自然科学基金委员会?广东省人民政府关于共同设立自然科学“联合基金”的框架协议》。 协议约定由国家基金委出资1500万元、广东省出资3500万元，联合成立“国家自然科学基金(广东基金)”(以下称“联合基金”)。
借以吸引、培养和集聚一批全国一流的科技人才，提升广东原始创新能力、自主创新能力和国际竞争力，解决广东省经济社会发展中面临的技术瓶颈问题。广东的决策者们可能没有想到的是，与国家自然科学基金委员会签订的这份协议，开创了一项具有深远意义的实践。 简短的签约仪式甚至没有引起新闻界应有的关注;但是在十个月之后，至少在中国科学界引起了轰动效应???11月下旬，来自全国26个省市的几十位一流专家，聚集广州对几百个来自全国各地的项目进行评审。
一位担任科技领导多年的政府官员感慨“三个没想到”：没想到“联合基金”在全国范围内反应如此热烈;没想到各地申报项目如此积极;没想到动员的科学家队伍如此庞大。 据了解，2006年度的“联合基金”项目主要围绕广东的农业、人口与健康、环境与资源、能源、电子信息与新材料以及高新技术产业领域开展原始创新研究，研究课题以国家自然科学基金重点项目的模式进行立项和管理。
申请单位来自全国20多个省(区、市)，受理了项目申请787项，包括清华大学、北京大学在内的著名大学和研究院所参与了”联合基金”的申报，其中仅清华大学就递交了33项项目申报书。
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