税务成本和会计成本存在着差异。虽然从细节问题上，比如租赁的分类标准、坏账的计提范围等，二者可以做到尽可能一致，但要二者完全统一是难以实现的。形成这种差异的原因在于会计成本和税务成本的目标、原则的不同。(一)目标不同会计成本规定，财务会计报告的目标是向财务会计报告使用者提供与企业财务状况、经营成果和现金流量等有关的会计信息，反映企业管理层受托责任履行情况，有助于财务会计报告使用者作出经济决策。
财务会计报告使用者包括投资者、债权人、政府及其有关部门和社会公众等。也就是说，会计核算的目标在于为会计报表使用者提供决策有用的信息，税务部门只是会计报表使用者的一小部分。而税务成本则是以课税为目的，要确保国家的财政收入。同时它也发挥一些调节经济、促进公平竞争的作用，还要为方便征收管理考虑。
(二)原则不同目的不同导致了二者遵循的原则有很大差异。1、会计核算原则与所得税税前扣除的5条确认原则相比，虽然都规定了配比原则和相关原则，但其所指的内容却不尽相同。会计核算的配比原则要求收入和与其相关的成本、费用应当在同一会计期间内确认，即因果配比和时间配比两方面；而税务成本中配比的含义是纳税人在某一纳税年度应申报的可扣除费用不得提前或者滞后申报扣除——税务成本的费用扣除一方面有很强的“过期作废”概念，另一方面严格控制纳税人通过提前抵扣来占用税款。
会计核算的相关原则要求企业提供的会计信息应当能反映企业的财务状况，经营成果和现金流量以满足会计信息使用者的需要；税务成本相关性的含义是与纳税相关——纳税人可扣除的费用从性质和根源上必须与取得的应税收入相关，不相关则不得在计算应税所得前扣除。2、会计核算的谨慎性原则、实质重于形式原则在税务核算中不适用，这是二者在原则上差异的突出体现。
会计核算时应遵循谨慎性原则，不得多计资产或收益、少计负债或费用，对可能发生的费用或损失应当合理预计。在这一原则下，企业会计成本规定企业可以计提八项减值准备，企业应当将损失很可能发生的或有事项确认为负债，而这些都是与税前扣除的确定性原则相违背的。
为防止企业利用减值准备和预计负债等调节利润、达到延期纳税甚至避税目的，确定性原则要求可扣除费用的发生已经是“板上钉钉”的，金额必须是确定的：税务成本只承认坏账准备可以在税前扣除，并且规定了5‰的扣除限额，对其余七项准备不予承认；预计负债也只能在实际发生的当期予以扣除。
会计对收入的确认规定了严格的条件，努力抬高门槛；而税务成本却对收入划一个尽可能广阔的范围，防止漏网之鱼。会计核算的实质重于形式原则要求重视交易或事项的经济实质，不拘泥于其法律形式；税务成本却是尊重业务实质但更看重其法律要件。比如待处理财产损失，会计认定其不符合资产定义，要求会计期末必须将其处理完毕，实际净损失应当计入营业外支出；而税务成本规定必须经企业申报、税务机关核准后才可在税前列支。
同样的，会计规定开办费要在开始生产经营的当月起一次性计入损益，而税务成本则要求开办费分5年摊销。二者目标、原则不同，也就意味着它们从出发点上就不同，这决定了很难在涉税问题上走到一块、达到二者全面的和谐一致。统一准则和税务成本的构想有些遥远，但二者的协调却是不可忽视的。
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