购货方可以凭值税发票抵扣联作为记账使用，专用发票抵扣联复印件留存备查。但你要和对方好好沟通，毕竟你方有责任的，但如果对方拒不承认，那只能通过诉讼解决，你公司绝对胜诉。附：国家税务总局关于修订《增值税专用发票使用规定》的通知国税发[2006]156号第二十八条一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》（附件5），经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
  　　一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查；如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联到主管税务机关认证，专用发票发票联复印件留存备查。　　一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。
  
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是什么地方的？如果是深圳的话，找不回来，当月就直接作废，跨月就比较麻烦，得登报了，如果在其他地区的话，如果国税有要求作废的发票必须收回怠罚糙核孬姑茬太长咖去的话，那也只能做登报做遗失了
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那就用发票的复印件来做账嘛，但是要附上说明，盖上两个公司的公章，这样在税务局也好解释
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不用作废的。向税务机关申请开具证明，就可以用了。《增值税专用发票使用规定》第二十八条一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》（附件5），经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
  一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查；如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联到主管税法郸瘁肝诓菲搭十但姜务机关认证，专用发票发票联复印件留存备查。一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。
  问题补充：纸质的发票不全，不允许作废的，否则要全额补交税款还要受罚款的。。求高人指教
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