中枢耐受形成的机制主要包括以下几个方面:
(1) 克隆清除在胚胎期和新生期个体的淋巴细胞尚未发育成熟,此时接触抗原则相应的克隆即被破坏清除,通过阴性选择而发生凋亡。
(2) 克隆禁忌免疫系统在其发育早期或胚胎发育阶段接受抗原刺激,不但不能使其发生克隆性增生,相反被禁闭而成为禁忌克隆。当该个体出生时接受相同抗原刺激时,则表现为对此抗原的无反应性。(3) 克隆流产有研究发现在骨髓B细胞发育早期,若前B细胞在发育为成熟B细胞前接触抗原,则B细胞发育终止,导致B细胞中枢耐受。由此可见,T及B细胞通过克隆清除和克隆流产可显著减少自身免疫性疾病的发生。
(4)克隆失能在B细胞的分化、发育过程中,可能存在BCR (mlgM)抑制机制。未成熟的B细胞表面表达的mlgM-Igo/IgpBCR复合物,在骨髓及外周血中高亲和力结合可溶性抗原时,可产生胞内抑制信号,抑制mlgM继续表达,是抗原特异性B细胞的发育终止,这时B细胞虽未死亡,但不再对相应抗原产生应答,形成克隆失能。后来发现T细胞也存在这种现象。