研究所设有6个研究室,1个中心实验室。北京市高科技实验室―北京肿瘤分子生物学实验室亦设在所内。建所以来,围绕我国常见恶性肿瘤特别是胃癌、乳腺癌癌变机理的研究、肿瘤预防与控制研究、肿瘤 易感性和恶性生物学行为的研究及肿瘤生物治疗研究等四个主要科研方向,各基础研究室和临床研究室开展了大量基础和应用性研究工作。目前在研项目110余项,科研经费近5000万元,获市部级以上科研成果104项,发表论文2200多篇,其中在肿瘤学基础理论研究、常见主要肿瘤的临床诊断与治疗,胃癌高发现场的预防干预等领域均有创新性,在国内外具有一定影响。 医院是国家肿瘤学重点学科,全国肿瘤学科博士学位授权点和博士后流动站所在单位。医学教育涵盖本科生、硕士生、博士生、博士后和进修生教育。每年定期举办全国临床肿瘤医师进修班和国家继续教育项目全国性学习班。