巧克力囊肿多是由子宫内膜异位引起的，任何子宫内膜异位都 有可能影响生育。若病情轻微没有影响输卵管和卵巢，一般影响不大。但如果严重的话会令腹腔产生黏连，造成输卵管堵塞而导致女性不孕。而在卵巢的巧克力囊肿会影响女性的正常排卵，从而影响受孕。
巧克力囊肿患者是可以通过试管婴儿技术助孕的。因为在试管婴儿的过程中，会对女性患者进行促排卵治疗，帮助排卵困难的患者排出一定数量的卵子，然后与精子一起放在培养皿中受精，再移植回女性宫腔内。所以，巧克力囊肿患者是可以做试管婴儿的。手术治疗：进行宫腹腔镜手术进行巧克力囊肿切除，这种虽然是小口手术，但也是腹部开口手术，对身体元气是有一些损耗的。根据自己的情况，如巧克力囊肿的大小和医生的建议，是否需要手术室治疗。
中药调理：生殖系统问题，中医方面主要论证为肾功能低下。中药调理是全方面的，即可为整个身心调理。如非情况紧急，那就中药调理几个月。主要是补肾加活血化瘀。