可采用药物、手术治疗(保守性或根治性)。迄今为止,除根治性手术外,尚无一种理想的根治方法。无论是药物治疗抑或手术均有相当高的复发率。因此,应根据患者年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求轻症患者的主观愿望等因素加以选择,强调个体化治疗。避免高度紧张及精神刺激,保持乐观情绪及充足睡眠。饮食上宜清淡,饮食应富含营养,纠正偏食及不正常的饮食习惯,不宜常食刺激性食物、海产品等。
对于患有巧克力囊肿的女性来说,首先治疗好自己的疾病的再进行备孕工作才是正确的方式。因为虽然有些巧克力囊肿的女性患者能后侥幸的怀孕,但是怀孕的整个过程并不是一帆风顺的,很有可能出现其它的意外情况,造成流产的发生。