于1997年造成偶蹄动物感染之口蹄疫病肠道病毒71型毒也与肠道病毒一样同属于微小病毒科（picornaviridae），因此，当1998年台湾地区肠道病毒大流行时，便有舆论认为引起人类手足口病（hand-footandmouthdisease；HFMD）主要是由于对感染口蹄疫的病死猪做掩埋处理不当因而污染环境，导致病毒反扑所致。事实上，肠道病毒与口蹄疫病毒虽然属于同一病毒科但却是截然不同的两种病毒，故此二者的致病机制并无直接相关性。但不可否认的，当年处理病死猪的方式的确对生态环境造成了相当大的冲击。由于肠道病毒在病毒学上的分类是属于无外套膜（non-envelop）的病毒，因此它对于周遭环境的抵抗力很强，可以耐酸达pH2，故不会被胃酸破坏，可以通过胃酸到达肠道繁殖，这也是它被命名为肠病毒的原因之一；肠道病毒对乙醇（ethanol）亦具耐受性（tolerance），故酒精对肠道病毒并无抑制作用；肠道病毒甚至可以对抗一般的清洁剂（detergent），故一般家庭用的洗手乳及肥皂对肠道病毒无杀菌效果；因肠道病毒可在下水道污水中存活3～5天之久，故在肠病毒大流行期间甚至可由下水道污水中分离出肠道病毒。目前已知需浓度约1～3％之漂白水才能有效的消灭肠道病毒，因此在大流行期常用此浓度的漂白水对病患所接触过之物品及环境进行喷洒消毒。肠病毒的流行与季节转换、环境变异有肠道病毒71型着极大的关联性，肠病毒只在夏季及初秋流行，每年六～九月为高峰期，气温过低的地区并不利于肠病毒生存。根据流行病学调查，肠病毒之传染途径主为粪--口传染（stool-oral），感染肠病毒的患者会经由粪便排出病毒，这些含有高浓度肠病毒的粪便会污染环境甚至地下水源，在公共卫生条件不佳的地区，极易经由污染的水源而散播该病毒。由于肠病毒除了在肠道外亦可在扁桃腺增殖，因此病患的唾液或口鼻分泌物也会带有高浓度的病毒，所以不排除经由空气或接触等传染途径。因此防治肠病毒之流行除了重视个人卫生外，公共卫生及环境卫生亦不容忽视。于1998年台湾地区肠病毒流行期间，对于是否需关闭游泳池以杜绝肠病毒之蔓延，在当时引起了相当大的争议。事实上，如前所述，浓度1～3％之漂白水即可有效杀死肠病毒，因此，经营者能依规定在游泳池内添加足够含量的漂液增加余氯值，应可避免因游泳而导致肠病毒感染。但水中至少需含有多少浓度（mg/L）的余氯才能有效抑制肠病毒，目前并无一确切标准，仍有待实验室之验证。由流行病学资料显示，EV71具有季节性且无地域性限制，故于全世界各地均有肠病毒流行之报告，包括澳洲、日本、香港、马来西亚、瑞典、保加利亚、匈牙利及法国等。然而出现肠病毒致死病例的却只有少数地区，除了台湾地区外，于1969～1998年间曾经造成大流行并有多名致死病例之地区尚包括保加利亚、匈牙利及马来西亚等地。依据这些地区之肠病毒流行报告显示，EV71侵犯的对象主为学龄前幼童，而由1998年台湾地区EV71大流行时之统计数据发现，三岁以下之幼儿几乎都无EV71之抗体，故为最主要之高危险群。肠病毒流行发生于每年的夏、秋二季，六～九月为高峰期，容易侵犯15岁以下儿童，感染后会有2～10天（平均约3～5天）的潜伏期，并可经由呼吸道的飞沫传染或经由胃肠道的粪便传染。肠病毒的传染力始于发病的前几天，在发病后一周内传染力最高，在咽喉及粪便中都可发现有病毒的存在，肠病毒可持续存在于病患的口鼻分泌物达3～4周，而由肠道排出病毒的期间则可持续6～8周之久。由于EV71对于中枢神经系统有极高的感染性，故临床上出现之症状包括脑炎（encephalitis）、无菌性脑膜炎（asepticmeningitis）、急性无力肢体麻痹（acuteflaccidparalysis）、手足口症（hand-foot-mouthdisease）、泡疹性咽峡炎（herpangina）、急性出血性结肠道病毒71型膜炎（acutehemorrhagicconjuctivitis）、肌肉僵直（myoclonicjerk）、头痛（headache）、发烧（fever）及呕吐（vomoting）等，而其中以手足口症及泡疹性咽峡炎最为常见。一般而言，感染肠病毒多为无症状（约50～80％）或出现轻微类似感冒的症状，病人会自然痊愈而产生抗体，但因感染肠病毒且转成重症之患者却有极高的机率死于心肺衰竭及广泛性的脑干伤害，实不容小觑。造成1999年台湾地区肠病毒流行的另一种主要病毒株为柯萨奇A16型（CoxsackievirusA16），其与EV71一样均会引起手足口病，单就临床症状而言，此二者很难分辨（但一般EV71较易导致高烧且高烧期间较久），只能依靠实验室的病毒检验技术来鉴别，但就后遗症而言，柯萨奇A16型要比EV71小，但仍须密切注意。目前检测肠道病毒之方式除了传统的病毒培养鉴定法外，国内已有生物科技公司利用生物芯片（Biochip）技术研发出“肠道病毒鉴定芯片”（EVtypingchip），可快速检测出肠病毒之型别，不致延误病患就诊治疗的首要时机。因肠道病毒鉴定芯片感染易引起并发症，且往往在一星期内即转成重症，所以若能提早确知所感染的病毒类型，即可掌握对症治疗的第一时间。肠道病毒鉴定芯片鉴定芯片主要是针对并发症较严重之EV71、CoxA15、CoxA16及CoxB3等几型肠道病毒鉴定芯片所设计出的生物芯片，利用肠道病毒鉴定芯片的特定基因序列来鉴别肠道病毒鉴定芯片的类型。其检验程序是先萃取出检体（包括血清、咽喉拭子或培养过的病毒液）中肠病毒之RNA，经反转录（ReverseTranscription；RT）成核酸（cDNA），再利用聚合脢链反应（PolymeraseChainReaction；PCR）放大特定之核酸片段后，进行核酸杂交反应（Hybridization），之后再利用生化方法呈色，依据肠病毒鉴定芯片上不同的显色型态即可得知肠道病毒的类型。
