肠道病毒71型膜炎（acutehemorrhagicconjuctivitis）、肌肉僵直（myoclonicjerk）、头痛（headache）、发烧（fever）及呕吐（vomoting）等，而其中以手足口症及泡疹性咽峡炎最为常见。一般而言，感染肠病毒多为无症状（约50～80％）或出现轻微类似感冒的症状，病人会自然痊愈而产生抗体，但因感染肠病毒且转成重症之患者却有极高的机率死于心肺衰竭及广泛性的脑干伤害，实不容小觑。造成1999年台湾地区肠病毒流行的另一种主要病毒株为柯萨奇A16型（CoxsackievirusA16），其与EV71一样均会引起手足口病，单就临床症状而言，此二者很难分辨（但一般EV71较易导致高烧且高烧期间较久），只能依靠实验室的病毒检验技术来鉴别，但就后遗症而言，柯萨奇A16型要比EV71小，但仍须密切注意。目前检测肠道病毒之方式除了传统的病毒培养鉴定法外，国内已有生物科技公司利用生物芯片（Biochip）技术研发出“肠道病毒鉴定芯片”（EVtypingchip），可快速检测出肠病毒之型别，不致延误病患就诊治疗的首要时机。因肠道病毒鉴定芯片感染易引起并发症，且往往在一星期内即转成重症，所以若能提早确知所感染的病毒类型，即可掌握对症治疗的第一时间。肠道病毒鉴定芯片鉴定芯片主要是针对并发症较严重之EV71、CoxA15、CoxA16及CoxB3等几型肠道病毒鉴定芯片所设计出的生物芯片，利用肠道病毒鉴定芯片的特定基因序列来鉴别肠道病毒鉴定芯片的类型。其检验程序是先萃取出检体（包括血清、咽喉拭子或培养过的病毒液）中肠病毒之RNA，经反转录（ReverseTranscription；RT）成核酸（cDNA），再利用聚合脢链反应（PolymeraseChainReaction；PCR）放大特定之核酸片段后，进行核酸杂交反应（Hybridization），之后再利用生化方法呈色，依据肠病毒鉴定芯片上不同的显色型态即可得知肠道病毒的类型。
