与其他的自然生态系统关系明显不同的地方就是，人类在城市生态系统中起着重要的支配作用。其他的自然生态系统，能源的来源主要是依靠太阳光的照射，而城市生态系统则是依靠从其他的生态系统中吸纳其所需求的大部分能量和物质。同时因为城市生态系统无法自行的分解其所产生的废物，所以就必须输入到其他的生态系统中，由其他的生态系统帮助分解消化，这就就表现了城市生态系统对其他生态环境的重要依赖性。由于城市生态系统需要从其他生态系统中输入大量的物质和能量，同时又将大量废物排放到其他生态系统中去，这样就会对其他的生态系统造成必然且强大的冲击和干扰。所以在城市的建设和发展的过程中，要尽可能的避免对其他生态系统的破坏和干扰，这样才可以保持自然环境的生态平衡。否者就会对城市自身的生存和发展，造成不可预估的影响。
城市生态系统的功能主要有四个方面，分别是： 1.生产功能； 2.能量流动； 3.物质循环； 4.信息传播。
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