医学专业是德国工业中的强势项目，制药业的营业额在德国工业营业额中排名第二，拜尔医药企业列欧洲医药企业的第4位。海德堡大学设有马普协会的医学研究所德国癌症研究中心等科研机构。其研究成果在世界上都享有一定声誉。其医学总系下有各类专业和系。这里培养出了两位诺贝尔医学奖得主，阿尔布莱希特·考索尔(AlbrechtKossel)，在蛋白质和核酸研究中取得巨大成果，获1910年诺贝尔生理学医学奖;奥托·弗里茨·麦耶豪夫(AttoFritzMeyerhof)，研究生物反应链取得成果，获1922年诺贝尔生理学医学奖。
柏林自由大学拥有德国最重要的医学培训中心，每年都有成千上万的人在柏大接受治疗。科隆大学的治疗教育系(HeilpaedagogischeFakultaet)是全世界最大的特种治疗系，基尔大学在医学研究领域，基尔大学医院对骨盆腔检查的器械和外科手术的发展，以及对世界范围内的最少感染外科手术的发展具有决定性的影响。
波鸿鲁尔大学德国研究协会的莱普尼茨奖授予了这个大学的医学系。神经学它被公认的强项。
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