福音战士新剧场版：序的与电视版的不同

故事主线与电视版分别不大,但剧情中间进行了不小改变：
1. 比方说有删改了一些细节,包括人物表现及一些事情的解释等,如:葛城美里在发动N2地雷时,车子被破坏却没有抱怨及删减了零号机所用的盾牌的来源.
2. 零号机原本是处于冷藏状态,不同于电视版.
3. 初号机和第四使徒的对战并未采用电视版第二集中的回想方式。
4. 电视版第三集中的真嗣转学骚动等等和学校同学相处的场景被减到最少，只留下冬二殴打真嗣以及之后的和解(场景也从车站改到了学校)。
5. 真嗣的游荡在最后并没有和剑介见面，不同于电视版
6. 增加美里和律子在地下通道的对话，有提到预算和真嗣的警备的对话。
7. 电视版第五集中律子到美里家中的桥段删除，这中间的对话改成美里和律子在酒吧中见面，并且律子给了美里两人的卡，然后真嗣再到零的家中。(不过之后源堂和冬月的对话中似有提到这是刻意安排的)
8. 同样，电视版第五集中零号机再启动实验被删除，只留下一开始发生过的零号机启动失控事件。
9. 在初号机受到第六使徒攻击的同时，电视版中是直接收回，但新剧场版中，第六使徒的攻击导致弹射装置损坏而无法回收，美里下令射出插入栓却被律子和源堂阻止，两人心中“EVA比驾驶员还重要”的想法提早出现，而初号机最后是透过引爆人工地盘的支架强制回收。
10. 基尔等人的第一次登场是直接以SEELE成员的身分，并以石碑方式登场。
11. 美里等NERV职员于一开始便知道地底下的Lilith之存在，且在真嗣怀疑美里“只让他一个人拼命”之时，美里把他带到中央核心区去看Lilith，并做出了“只要使徒到达中央核心区，NERV便会直接启动基地自爆”的对白。
12. 真嗣比电视版中变的更有主见，在最后留在NERV的决定是他自己“自愿”留下驾驶初号机，而非被强迫。
13. 电视版第六集中出现的初号机伪装气球、12式臼炮侦查使徒Ramiel(新剧场版第六使徒)的攻击和防御方式桥段被删除。
14. 原本电视版第四话中冬二和剑介在车站对真嗣的对白改为两人于电话中留言给真嗣。
15. 初号机攻击第六使徒时,第一发并不是打不中,是打偏了,有为使徒带来伤害.
16. 屋岛作战时，源堂有着替换主攻击手的命令，但最后被美里说服。
17. 渚薰于本集就已登场，且说出了“又是第三个吗？你还是一样没变呢，看来相逢时会很有意思喔，碇真嗣。”的话语，令许多阅听者怀疑新剧场版还是和电视版以及旧剧场版的世界有关联。
在各方面的设定也有改变：
1. NERV标志有所改变,有新版及有原来电视的版本.
2. 电视版第一集开头明示的“时为西元2015年”删除，剧中没有设定年代，不过第二次冲击仍是发生在故事开始的15年前。
3. 开头中的日本近海变成血海，与原作中南极附近的海洋以及剧场版(The End of Evangelion)最后相同。
4. 登场的使徒除了Lilith外，在官方公式资料中全部都只使用数字编号，不过除了Lilith之外的使徒造型，都是使用旧动画版中登场的“司水之 天使Sachiel”、“司昼之天使Shamshel”、“司雷之天使Ramiel”设计略做修饰，且使徒数量也缩减为12名(有意设定为十二门 徒).
5. EVA起动连结时,驾驶仓图像改变.
6. 初号机的粒子刀外形改变,变成类似折叠形小刀.
7. 使徒的核心一旦被摧毁，整个身体便会崩解，化为血海不留一丝痕迹，与电视版中仍会存留残骸的设定不同。
8. 美里介绍片片的发言改变为“15年前有很多像它这样的企鹅”，而非电视版中的“新品种温泉企鹅”。
9. 第六使徒攻击或防御时外形会改变成各种不同的超现实立体几何图像，并且现出中间的核心.
10. 第六使徒钻入地面时,是将身体变成螺旋形钻头,而不同于电视版中由身体中出现圆筒形钻头.
11. 初号机新追加G型装备(相信来自 持枪者-Gunman的G字首).
12. Lilith的面具外形改变,由SEELE的标志变成类似第四使徒的面具.(原本Lilith的外型则变成了片尾登场，在月球上的巨人)
13. 零号机受损时,是初号机用粒子刀打开零号机仓门.
14. NERV驾驶员的通行证，由磁条卡变成芯片卡；不过在通过闸门时依然是用刷卡来感应。
15. 美里的阶级不是电视版一开始的上尉，也不是后来升等的少校，而已经是中校的阶级。
16. SEELE成员只剩下7名。
17. 电视版中使用的“(英文序号) Children”在本作中使用的是“第O的少年/少女”的称呼。
18. 最后面月球上出现了许多棺材，而渚薰则是在其中一个棺材中醒来的。
其他不属于设定方面的改变：
1. 有些现实存在的企业商品和广告皆有在剧场版中登场。
2. 红绿灯从原本的灯变成了LED。
3. 在初号机出动时增加了一些NERV人员的画面，于最后的屋岛作战时也增加了避难人群的画面。
4. 插入栓服的胸口零件原本在电视版中是黑色的，不过新剧场版中改为红色。