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墨脱县城区海拔1100米。墨脱县域内地势北高南低，海拔在200至7787米，平均海拔1200米，南迦巴瓦峰和加拉白垒峰是东喜马拉雅山脉最高的两座山峰，雅鲁藏布江在两座山峰的夹峙中咆哮而出，形成了世界上最深最长最险峻的峡谷——雅鲁藏布大峡谷。北部的南迦巴瓦峰高达7756米，南缘巴昔卡海拔仅155米，短距离内相对高差7000多米。

墨脱县境内属雅鲁藏布江下游山川河谷地貌，地势北高南低，北、东、西三面高山相环，南面由中山向低山地带过渡，形似莲花，故藏语墨脱意为“花朵”。北部山地在流水侵蚀和强劲暖湿气流剥蚀下，山势陡峭，河谷深切，相对高差达3000至4000米，南部中低山坡度较缓，地势渐次开阔，相对高差500至1000米。全境为山地。

墨脱县位于西藏东南部，地处雅鲁藏布江下游，喜马拉雅东段与岗日嘎布山脉的南坡东与察隅县为邻，北与波密县、林芝市巴宜区相连，西与米林县、隆子县、错那县接壤，南与印度以山地与平原结合地带为界。此段边界，中印传统习惯边界线沿喜马拉雅山南麓山脚行走。墨脱县与印度阿萨姆邦边界线，起至察隅县的尼杂木哈特西南的丹巴曲河心处的察隅县、墨脱县与阿萨姆邦三地交界处，向西南经博马科以南，沿平原边缘行至巴昔卡以南的雅鲁藏布江出境处（印度），折向南行，经米利姆、鲁金、希吉等地区以南，行至错那县的皮衣木克（海拔1987米）以南的西巴霞曲出境处。

墨脱县属喜马拉雅山东侧亚热带湿润气候区。四季如春，雨量充沛，年均温16℃，1月均温8.4℃，7月22.6℃，年极端最低气温2℃，最高气温33.8℃，年降雨量在2358毫米以上，南部最大降水可达5000毫米，年日照时数2000小时，年无霜期340天，相对湿度80%以上。

墨脱气候与中国华南沿海的气候比较相似。巨大的海拔高差，使墨脱县有中国最完整的山地垂直气候带谱，同时具有热带、亚热带、高山温带、高山寒带等立体气候。