我国法律有条件的承认和保护事实婚姻，对于非法同居关系则不予保护，现实中的非法同居关系主要有姘居、重婚等表现形式。事实婚姻和非法同居的主要区别如下：
1、事实婚姻和非法同居两者的含义不同。 事实婚姻是指符合法定实质要件的男女双方未履行法定形式要件，具有永久共同生活的目的，以夫妻身份长期共同生活，并为周围群众所公认的婚姻形式。非法同居是指男女双方或一方有配偶仍与他人在未办理结婚登记的情况下，双方不以夫妻的名义持续稳定共同居住，或者男女双方未办理结婚登记手续而以夫妻的名义共同生活但是又不符合事实婚姻的法定条件的两性结合。
2、事实婚姻只是在程序上具有违法性，而在实质上是符合法律规定的，而非法同居无论在程序上还是在实质上都是违法的，有的甚至还违反了刑法的规定构成了重婚罪。
3、事实婚姻在公示性方面是有意识的主动的完全公开的以夫妻的名义持续的共同生活，而非法同居则是隐蔽的，并且大多数情况下是不以夫妻的名义公开的持续的共同生活的;事实婚姻双方当事人一般都有共同的财产，有的甚至还有共同的子女，而非法同居双方则大多没有共同的财产和子女。
4、事实婚姻关系和非法同居关系在法律上的效力是不同的，事实婚姻关系的双方当事人构成事实婚姻关系，产生的法律后果与法律婚姻是相同的，非法同居关系的双方当事人构成的是非法同居的关系，产生的法律后果是一律判决解除非法同居关系，如触犯刑法则追究当事人的刑事责任。
5、 适用的程序及相关的规定不同。对属于事实婚姻关系的案件，人民法院受理后，依法要先进行调解，调解和好或者撤诉的，确认该婚姻关系有效，发给调解书或裁定书;经调解不能和好的，根据各案情况的不同，可以调解离婚或者判决准予离婚。而非法同居关系则不同，法院只受理有配偶者与他人形成的同居关系，且受理此类纠纷后，不能进行调解，一律予以解除。对于双方均无配偶的男女之间形成的同居关系，一方诉至法院要求离婚或要求解除同居关系时，法院则不予受理。此外，当事人起诉到人民法院属于事实婚姻的，当事人即使不去补办结婚登记，人民法院对其婚姻关系的合法性也必须予以认可，依然按照合法、有效的婚姻案件来审理。而如果属于双方均无配偶的同居关系的，当事人要想使自己的生活状态受到法律保护，则必须补办结婚登记。同时，在身份关系、共同生活期间所得财产的认定、所生子女是否为婚生子女，能否以配偶身份享有继承权问题等方面，也会使两者面对不同的处理结果。