补充协议是针对原始协议或者合同的漏洞或者欠缺或者某一条的详细解读所做出的补充，是原始协议的一部分，不但合理而且合法。
虽然合同法里没有明确表明签订备案合同后是否可以签订《补充协议》，但我感觉当备案合同还没有生成正式合同之前，双方仍然可以继续进行有关方面的细则内容的商讨，我感觉你所说的《补充协议》就是类似这种细节的内容，在这种情况下，双方在互利互让的前提下，只要不损害自己的切身利益，双方仍想合作，一切都是可以商讨的。
如果对方提出的条件的确损害了我方的切身利益，在两方协商无果的情况下，可以通过第三方或者法律诉讼解决问题。合同是死的，人是活的，很多内容是可以灵活处理的。
要看他们的这些备案和补充有什么目的。在主副合同中有无延续关系。有无对第三方不利的。
这要看补充协议的具体条款是不是公平
是合理的，要看双方的有没有无理要求。
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