由于氨中毒是肝性脑病的主要原因，因此减少氨的吸收和加强氨的排出是药物治疗的主要手段。
（1）减少肠道氨的生成和吸收
①乳果糖是一种合成的双糖，口服后在小肠不会被分解，到达结肠后可被乳酸杆菌、粪肠球菌等细菌分解为乳酸、乙酸而降低肠道的pH值。肠道酸化后对产尿素酶的细菌生长不利，但有利于不产尿素酶的乳酸杆菌的生长，使肠道细菌所产的氨减少；此外，酸性的肠道环境可减少氨的吸收，并促进血液中的氨渗入肠道排出。乳果糖的疗效确切，可用于各期肝性脑病及较轻微肝性脑病的治疗。不良反应主要有腹胀、腹痛、恶心、呕吐等，此外，其口感甜腻，使少数患者不能接受。
②乳梨醇是另一种合成的双糖，经结肠的细菌分解为乙酸、丙酸而酸化肠道。乳梨醇的疗效与乳果糖相似，但其甜度低，口感好，不良反应亦较少。
③对于乳糖酶缺乏者也可试用乳糖，由于有的人小肠内缺乏乳糖酶，口服乳糖后在小肠不被分解和吸收，进入结肠后被细菌分解而酸化肠道，并产生气体，使肠蠕动增加而促进排便。
④口服抗生素可抑制肠道产尿素酶的细菌，减少氨的生成。常用的抗生素有新霉素、甲硝唑、利福昔明等。口服新霉素很少吸收。但长期使用有可能致耳毒性和肾毒性，不宜超过1个月。甲硝唑的疗效与新霉素相似，但其胃肠道不良反应较大。利福昔明口服不吸收，利福昔明口服不吸收，效果与新霉素相同。
⑤口服某些不产尿素酶的有益菌可抑制有害菌的生长，减少氨的生成。嗜酸乳酸杆菌的疗效尚有争议，但近年来使用的粪肠球菌SF68的疗效比较确切。SF68的服用方法为服用4周后停用2周，可反复使用，口服有益菌无毒副反应。
（2）促进体内氨的代谢
①L-鸟氨酸-L-门冬氨酸是一种鸟氨酸和门冬氨酸的混合制剂，能促进体内的尿素循环（鸟氨酸循环）而降低血氨。每日静脉注射20g的OA可降低血氨，改善症状，不良反应为恶心、呕吐。
②鸟氨酸-α-酮戊二酸的降氨机制与OA相同，但其疗效不如OA。
③苯甲酸纳可与氮源性物质结合形成与马尿酸从肾排出而降低血氨，不良反应以消化不良症状为主。苯乙酸钠可与谷氨酰胺结合形成苯乙酰谷氨酰胺经肾排泄。两者目前临床上已基本上不用。
④谷氨酸与氨结合形成谷氨酰胺而降低血氨，有谷氨酸钾和谷氨酸钠两种，可根据血钾和血钠调整两者的使用比例。谷氨酸盐为碱性，使用前可先注射维生素C，碱血症者不宜使用。
⑤精氨酸可促进尿素循环而降低血氨，该药呈酸性，适用于碱中毒者。
（3）GABA/BZ复合受体拮抗剂氟马西尼可以拮抗内源性苯二氮卓所致的神经抑制。对于Ⅲ-Ⅳ期患者具有促醒作用。静脉注射氟马西尼起效快，往往在数分钟之内，但维持时间很短，通常在4小时之内静脉注射；或持续静脉滴注。有关氟马西尼治疗肝性脑病的疗效，虽然尚有争议，但对选择性病例用后可明显改PSE的级别及NCT积分。
（4）减少或拮抗假神经递质支链氨基酸（BCAA）制剂是一种以亮氨酸、异亮氨酸、缬安酸等BCAA为主的复合氨基酸。其机制为竞争性BCAA为主的复合氨基酸。其机制为竞争性抑制芳香族氨基酸进入大脑，减少假神经递质的形成，其疗效尚有争议，但对于不能耐受蛋白质的营养不良者，补充BCAA有助于改善其氮平衡。
（5）其他药物
①肝性脑病患者大脑基底神经节有锰的沉积，驱锰药是否有效尚需进一步研究。
②L-肉碱可以加强能量代谢，而氨中毒假说的重要机制是氨干扰能量代谢。L-肉碱的疗效有待于证实。
