自然流产的原因有很多：主要与胎儿停止发有关，一般来说胚胎停止发育因素包括：主要有胚胎因素、母体因素、免疫功能异常和环境因素。胚胎因素：染色体异常是早期流产早常见的原因，约半数以上与胚胎染色体异常有关。遗传是染色体异常的常见因素，除此之外，药物、感染、化学放射等有害物质也会引起体异常。若发生流产多为空囊或已退化的胚胎。母体因素：全身疾病：孕妇患全身性疾病（感染、高热）刺激子宫收缩导致流产；严重的贫血可致胎儿缺氧；细菌病毒的感染、慢性肾炎和高血压致胎盘梗死等均可致流产。生殖器宫异常：畸形，子宫肌瘤，可影响孕囊着床发育致流产。宫颈裂伤宫颈内口松弛。可发生晚期流产。建议查明原因后下次注意优生优育。
