两者的鉴别诊断主要通过症状来进行：
湿疹的症状
小阴唇反复瘙痒，并且只局限于同一部位，瘙痒7-8天，一来月经又开始瘙痒，并且也只是同一位置瘙痒。有时候连阴蒂也瘙痒。隔着内裤摩擦，瘙痒的部位就会发红突起，并且又痒又疼。用酒精擦了一下，就肿起来，有一小块红的皮损在左测小阴唇上，破损处有点泛黄，但无水疱，无脓。反复有4-5个月。白带检查正常，霉菌和滴虫都没有。
生殖器疱疹症状
在男性好发于龟头、冠状沟、尿道口、阴茎、阴囊、大腿和臂部等处。女性好发于阴唇、阴阜、阴蒂、肛周或阴道。约90%的患者，病毒可同时侵犯子宫颈，出现阴道分泌物增多或下腹痛，并可并发宫颈炎和子宫炎。大多数男女患者双侧腹股沟淋巴结肿大。后期炎症波及尿道、膀胱时，可出现排尿困难、尿痛、尿频、严重者可发生尿潴留(尿潴留是由于尿路有病理障碍或神经
性功能障
碍，从而导致大量尿液积蓄在膀胱中而不能排出或排出不畅的病症)等现象。此外，还可能有其它症状同时出现，如发热、全身不适、头痛、颈项强直、脑膜炎和骶部神经系统功能不全。
生殖器疱疹早期表现：
男性生殖器疱疹的症状初起为细小淡红色小疙瘩，大小不一，单个或群集分布，湿润柔软，呈乳头样、鸡冠状或菜花样突起，红色或污灰色，根部常有蒂，且易发生糜烂渗液，触之易出血。生殖器疱疹疾病的数目有的很少，多的就会有十余个，数十个以至百个之多。极少数病人由于治疗不及时，使生殖器疱疹长得很大，成为巨大生殖器疱疹，可向深部穿透，产生很多瘘管通向尿道或经5-40年恶变为癌肿。发生在直肠内大的生殖器疱疹可引起里急后重感。
发生于尿道口或前尿道的一般不易观察到，由于生殖器疱疹血管丰富，容易出血，有些病人往往是由于性生活后或用力后尿血来就诊，一般无疼痛等自觉症状。发生于肛门部位的生殖器疱疹比较容易和痔疮混淆，但发生于肛内的生殖器疱疹如果无肛镜不易观察，有时仪表现为大便后出血。肛周皮肤多皱褶，且行走时多摩擦。
