并购重组尽职调查程序和关注点不尽相同，基本上遵循的原则是相通的。(1)目标明确与重点突出原则对标的企业实施尽职调查涉及的范围和程度需要综合考虑时间、人力和物力资源，根据自己的并购战略及目标，重点关注相关信息和资料，才能做到有的放矢。(2)签订协议、严守秘密原则尽职调查势必会涉及企业的大量商业秘密，而尽职调查作为企业并购的前期环节，并不能保证并购重组将成功进行到底。
因此，保密原则在尽职调查的过程中显得尤为重要。(3)客观公正、信息完整原则尽职调查团队在搜集信息的过程中，应依据公司的投资理念和标准，一定要客观公正，不能带有个人主观看法，不能因个人情感因素扭曲事实，更不能为了迎合委托人的需要，大肆包装甚至扭曲事实；同时，搜集的信息还要尽量全面，不能有意取舍，不能以点带面，以偏概全。
要努力发现信息之间的联系，尽可能地反映出真实的一面。(4)亲临现场、实地考察原则尽职调查团队不能仅依据纸面材料甚至道听途说的内容作出判断或出具结论性意见，而是一定要亲临目标企业现场，进行实地考察、访谈，亲身体验和感受。(5)配合调查、提升效率的原则很多时候，被调查的目标企业认为内部资料涉及商业机密，不愿意提供给调查者，其实这是不对的。
因为尽职调查这一关键环节能否有效地进行关系到后面的并购能否成功，是双方加深了解的过程，目标企业积极配合调查，对双方都是有利的。当然，也不能完全没有原则地配合，一般会在签订意向书的时候，事先约定好披露范围。(6)注重团队、以人为本原则尽职调查团队对标的企业从技术、产品、市场、财务等方面进行全面考察的同时，还应重点注意对管理团队的创新能力、管理能力、诚信程度的评判。
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