绿色食品基地建设在具体操作层面，要求建立健全和有效运行的七个体系：一是以落实县乡村目标责任制为保障的组织管理体系。具体包括成立以县级人民政府主管领导和有关部门负责同志组成的基地建设领导小组、基地建设办公室，并配备专职人员的一整套组织管理体系。
  二是以实施标准化生产和质量可追溯制度为基础的生产管理体系。生产管理工作由基地建设办公室统一负责，主要包括制定、发放统一生产操作规程、田间生产管理记录，具体指导农户生产等。三是以市场准入和监督检查为手段的投入品管理体系。通过建立基地农业投入品公告制度、基地农业投入品市场准入制，从源头上把好投入品的使用关；有条件的基地应建立基地农业投入品专供点，对农业投入品实行连锁配送和服务；此外，基地办要组织力量对基地生产中投入品使用及投入品市场进行监督检查和抽査。
  四是以农技推广和农户培训为主要内容的技术服务体系。依托当地农业技术推广机构，组建基地建设技术指导小组，引进先进的生产技术和科研成果，提高基地建设的科技含量；根据需要配备绿色食品生产技术推广员，建立推广网，负责技术指导和生产操作规程的落实；定期组织培训，不断加强对基地领导、生产管理人员、技术推广人员及基地农户的绿色食品知识技术培训。
  五是以综合治理为方式的基础设施和环境保护体系。首先要建立基地保护区。基地方圆5千米和上风向20千米范围内不得建立有污染源的工矿企业，基地内的畜禽养殖场粪水要经过无害化处理，施用的农家肥必须经高温发酵，确保无害。其次要不断改善和提高基地的生产条件和环境质量；加强农田水利基本设施建设，逐步实现旱能浇、涝能排的农田水利化；加强基地道路建设。
  此外，还要建立检验检测体系，加强对基地投入品、产品和环境的检验检测；建立信息交流平台，实现生产、管理、储运、流通信息网上査询。六是以"品牌+公司+基地+农户"为模式的产业化经营体系。基地应依托龙头企业，充分发挥龙头企业的示范带动作用，特别是在产品收购、加工和销售中的组织保障作用；基地、农户应与龙头企业签订收购合同。
  七是以产地环境、生产过程、产品质量、包装标识为重点的监测监管体系。基地应有专业的人员和队伍负责基地生产档案记录的管理；成立监督管理队伍，加强对基地环境、生产过程、投入品使用、产品质量、市场及生产档案记录的监督检查。