怀孕胎儿亲子鉴定”也称为“产前亲子鉴定”“胚胎期亲子鉴定”，也就是指“利用现代生物学基因技术”鉴定胎儿遗传意义上的父亲。
当孕妇对肚中的胎儿的生物学父亲弄不清楚时,"胎儿亲子鉴定"可以从孕妇的血液或羊水中提取细胞，获得胎儿的DNA信息和待定父亲的DNA信息进行比对，得出胎儿的生物学遗传意义上的父亲是谁来确认亲生父子关系。
但是胎儿亲子鉴定是否会对孕妇和孩子有没有影响和伤害呢，这是每个想要做鉴定的人最关心的问题。在国内，做胎儿鉴定最大的难度就是取样,因为取样（胎儿绒毛或者羊水）要确保不能伤害胎儿。香港友爱医疗提醒大家，做胎儿亲子鉴定抽取绒毛或者羊水一定要到正规的医院请专业的妇产科医生抽取，以确保胎儿和孕妇的安全。
除了以上抽绒毛、抽羊水鉴定胎儿性别外，在香港，运用的是无创技术，从孕妇血样中查找胎儿的Y染色体基因，然后用胎儿的Y染色体基因与“假定父亲”的Y染色体进行配对，如果配对成功，那么确认“假定父亲”是宝宝的亲生父亲，准确率高达99.9%。
但这种无创DNA胎儿亲子鉴定方法，并不是每个未出生的胎儿都可以做的，而是要男性宝宝才能做这个检测。因为只有男性宝宝的基因中才存在与母亲不周的基因序列（Y染色体）。如果是女宝宝，染色体与母亲都是一样的“XX染色体”，用X染色体来配对的话，很难区分出是胎儿的还是母亲的。所以男性胎儿可以运用无创DNA做亲子鉴定，女性胎儿要四个月后做羊水鉴定。
做胎儿亲子鉴定之前，母亲需要做母血筛选（胎儿性别检测），采用脱氧核糖核酸（DNA）扩增及最先进的微量分析法从母血中探测Y染色体基因，此检测方法是测试父子关系Y染色体排除检测的前期检测，准确率高达99.4%。孕妇怀孕经B超确认胎儿发育大小满7周或8周以上，可见胚芽及原始心搏跳动可抽血做检测。
如果从中探测到Y染色体，检测结果是男孩，可以继续通过DNA扩增以最先进的微量分析法，用胎儿的Y染色体基因进行父子关系Y染色体进行配对检测。女孩需要16周后经抽羊水做胎儿亲子鉴定。
简单地说：怀孕7-8周验血测性别-（1）确定男宝宝-香港无创DNA验血亲子鉴定/（2）确定女宝宝-怀孕16周抽羊水亲子鉴定
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