对输卵管妊娠的治疗，历来主要方法是手术，近十余年来由于高敏感度放免测定β-hCG及高分辨B超和腹腔镜的开展，异位妊娠早期诊断显著提高，因此保守手术及药物治疗更多的应于临床。
(一)输卵管切除术：无论是流产型或破裂型输卵管妊娠，输卵管切除可及时止血，挽救生命，在已有子女不再准备生育的妇女，可同时行对侧输卵管结扎。在需要保留生育能力的妇女，如果输卵管病灶太大，破口太长，损及输卵管系膜及血管和/或生命指征处于严重状态时亦应作输卵管切除。在行保守性手术中输卵管出血，无法控制应当立即切除输卵管。
手术可在针麻或局麻下进行，剖腹后应首先止血，用钳子钳住出血
输卵管妊娠点，使出血停止。休克时快速输血，待休克好转后，再按步骤进行病侧输卵管切除。如同侧卵巢正常者应保留。如对侧输卵管正常，患者要求绝育者应施行结扎。对侧卵管有病损，则根据病人情况、要求及病变情况处理，原则上应尽量缩短手术时间，不应在急性失血期或有炎症情况下，考虑输卵造口术。腹腔游离血液无明显感染者，可作自家输血，尤其在血源缺少的情况下，自家输血为抢救失血性休克极为有效的措施。这时血液不凝，无粘稠状，无臭味，显微镜下红细胞破坏不超过30%。每100ml血液中加3.8%枸橼酸钠10ml，自家输血500ml以上应给10%葡萄糖酸钙10～20ml，以免枸橼酸中毒。自体输血无需配血能及时补充血容量，对内出血多严重休克病人是非常必要的，可节约库血，减少经济负担，且自家血红细胞新鲜，携氧能力强，还可避免血清性肝炎等传染病。近年来有的人提出自家输血可不加抗凝剂并在临床上应用，但回收输血的凝固程度因人而异，为了充分发挥自家输血的优点，还是加枸橼酸钠或ACD液抗凝为宜。
(二)保守性手术：所谓保守性手术，原则上是去除宫外妊娠
