1.甲减会影响生长发育：儿童患了甲减，会导致智力落后甚至痴呆，身材矮小等。甲状腺激素对生长激素有促进作用，甲状腺激素缺乏会影响生长激素的促生长作用，儿童甲减往往表现生长迟缓，骨骺愈合慢，骨龄延迟。青少年甲减表现性发育延迟，少数表现性早熟。
2.甲减会影响性能力和生育能力 患了甲减后，女性患者表现月经量多，经期延长，甚至闭经，不易受孕，即使成功怀孕，流产、死胎、胎儿出生后患先天性甲低的几率也非常大;对于男性而言，表现悻慾减低、胸部发育、阳痿、不易生育等;而且甲减会遗传，甲减患者后代患甲减的几率也很大。因此，如果患了甲减，医生都会建议治愈后再生孩子。
3.甲减会影响心血管系统： 甲状腺激素低下时，体检发现病人心搏慢慢而弱、心音低钝、心脏扩大、心动过缓、下肢浮肿、血压升高、脉压差减低。心肌假性肥大，心电图示低电压，窦性心动过缓。约30%的病人有心包积液，严重者还会出现胸腔或腹腔积液。
4.甲减会影响肌肉关节： 甲减病人临床表现乏力，肌肉疼痛、强直、痉挛、水肿和肥大，血清CPK、LDH和AST升高，同功酶主要来自横纹肌。甲减患者的跟腱反射弛张期明显延长，但不够敏感。
5.甲减会影响胃肠系统： 食道、胃、胆囊、小肠和结肠的平整光滑肌张力减弱，胃肠蠕动慢慢，排空时间延长，胃酸分泌减小，血清抗胃壁细胞抗体阳性。病人表现食欲减退、腹胀、恶心、胃酸少、排便困难。
6.甲减会影响血液系统： 约25%甲减病人表现贫血，多数为轻度或中度正色素或低色素小细胞贫血，少数为大细胞贫血。 红细胞生成减小原因为：(1)由于代谢减低，氧耗量减小，导致肾脏红细胞生成素减小，(2)甲减对红细胞前体的影响，(3)甲减患者多为女性，月经量增多，(4)胃酸缺乏，胃肠道吸收障碍。 也有部分甲减病人(约12%)表现大细胞贫血，胃壁细胞抗体或内因子抗体阳性，维生素B12或叶酸缺乏，表现大细胞贫血。
7.甲减会影响神经精神系统： 由于代谢低减和交感兴奋性减低，病人表现记忆力减退、尤其是近事遗忘十分显著，注意力不能集中，理解和计算能力减低。老年甲减病人常常有抑郁症，轻者为表情淡漠、抑郁不语;重者表现为精神失常，妄想、幻视、违拗、甚至木僵、痴呆和癫痫样发作，应该引起注意。
8.会影响呼吸系统： 甲减病人安静时肺功能多为正常，少数病人通气功能受损，严重者可以引起睡眠呼吸暂停综合征。甲减合并肥胖者常常有肺泡低通气障碍，脑缺氧是粘液性水肿发生昏迷的一个重要原因。
