这问题以前有人问过，也是我的答案，如下：
专利申请程序
1、 专利申请的主要流程
（1） 发明专利的申请流程
申请－>初步审查－>公开－>实质审查－>授予专利权
（2）实用新型和外观设计的申请流程
申请－>初步审查－>授予专利
2、专利申请的受理机关
国家知识产权局是我国唯一有权接受专利申请的机关。
  国家知识产权局在上海设有代办处，受理专利申请文件，代收各种专利费用。
3、申请专利应当提交的文件
申请专利时提交的法律文件必须采用书面形式，并按照规定的统一格式填写。申请不同类型的专利，需要准备不同的文件。
（1）申请发明专利的，申请文件应当包括：发明专利请求书、说明书（必要时应当有附图）、权利要求书、摘要及其附图各一式两份。
  
（2）申请实用新型专利的，申请文件应当包括：实用新型专利请求书、说明书、说明书附图、权利要求书、摘要及其附图各一式两份。
（3）申请外观设计的，申请文件应当包括：外观设计专利请求书、图片或者照片，各一式两份。要求保护色彩的，还应当提交彩色和黑白的图片或者照片各一份。
  如对图片或照片需要说明的，应当提交外观设计简要说明一式两份。
商标注册申请程序
1、 商标注册流程
申请－>审查－>公告－>核准登记
2、商标注册申请的受理机关
申请商标注册的受理机关为国家工商行政管理总局。申请人可以自己直接办理注册申请手续，也可以委托商标代理组织办理。
  外国人或者外国企业在我国申请注册商标或办理其他商标事宜的，必须委托我国政府认可的商标代理组织代理。
3、商标注册应当提交的文件
商标注册申请必须采用书面申请方式。申请人需要提交的文件如下：
（1）商标注册申请书
（2）自然人应提交身份证，法人应出示企业《营业执照》副本或登记机颁发的证件。
  
（3）商标图样五份，如是彩色图样，另需提供黑白稿一份。 
（4）要求优先权的需提供优先权证明文书。
（5）其他证明性文件。如申请商标用于人用药品的，需提供由卫生行政部门出具的生产╱经营许可证明。
作品登记程序
作品登记不是著作权取得的必要手续。
  作品实行自愿登记。作品无论是否登记，作者或其他著作权人依法取得的著作权不受影响。但版权登记有助于解决因著作权归属造成的著作权纠纷，并能为解决著作权纠纷提供初步证据。
1、作品登记流程
2、作品登记机关
各省、自治区、直辖市版权局负责本辖区的作者或其他著作权人的作品登记工作。
  国家版权局负责外国以及台湾、香港和澳门地区的作者或者其他著作权人的作品登记。
3、申请作品登记应当提交的文件
应当出示身份证明和提供表明作品权利归属的证明（如：封面及版权页的复印件、部分手稿的复印件及照片、样本等）。其他著作权人还应出示表明著作权人身份的证明（如继承人颖出示继承人身份证明；委托作品的委托人应出示委托合同）。
  专有权所有人应出示其享有专有权的合同。
计算机软件
第十条 软件的鉴别材料包括程序和文档的鉴别材料。
　　程序和文档的鉴别材料应当由源程序和任何一种文档前、后各连续30页组成。整个程序和文档不到60页的，应当提交整个源程序和文档。除特定情况外，程序每页不少于50行，文档每页不少于30行。
  
　　第十一条 申请软件著作权登记的，应当提交以下主要证明文件：
　　（一）自然人、法人或者其他组织的身份证明；
　　（二）有著作权归属书面合同或者项目任务书的，应当提交合同或者项目任务书；
　　（三）经原软件著作权人许可，在原有软件上开发的软件，应当提交原著作权人的许可证明；
　　（四）权利继承人、受让人或者承受人，提交权利继承、受让或者承受的证明。
  
　　第十二条 申请软件著作权登记的，可以选择以下方式之一对鉴别材料作例外交存：
　　（一）源程序的前、后各连续的30页，其中的机密部分用黑色宽斜线覆盖，但覆盖部分不得超过交存源程序的50％；
　　（二）源程序连续的前10页，加上源程序的任何部分的连续的50页； 
　　（三）目标程序的前、后各连续的30页，加上源程序的任何部分的连续的20页。
  
　　文档作例外交存的，参照前款规定处理。
　　第十三条 软件著作权登记时，申请人可以申请将源程序、文档或者样品进行封存。除申请人或者司法机关外，任何人不得启封。
　　第十四条 软件著作权转让合同或者专有许可合同当事人可以向中国版权保护中心申请合同登记。
  申请合同登记时，应当提交以下材料：
　　（一）按要求填写的合同登记表；
　　（二）合同复印件；
　　（三）申请人身份证明。
　　第十五条 申请人在登记申请批准之前，可以随时请求撤回申请。
所以可以看出省级部门只是登记机关，不是受理机关，受理机关是国家知识产权局，他在上海设有代办处，受理专利申请文件，代收各种专利费用。
  
另外建议你委托专门的专利申请机构进行申请，这样比较好。