朱元璋的陵墓（明孝陵）在南京，而朱隶发迹地在北京，他自己登基后也把都城由南京迁移到北京，并初建紫禁城，所以他死后的遗体也应当下葬北京，而不会再千里迢迢的再运回南京，至于朱隶夺位，那也是中国历史痕迹平常的一次兵变夺位，身在帝王家，争权夺利也是经常的事情，至于下葬在北京，是由于都城当时已经在北京了，而迁都北京主要是因为明的北方隐患扔未消除，建都北京完全是天子镇国门以消除北方蒙古的隐患！~
不是这个原因. 因为朱元璋定都南京,所以他的陵墓在南京.他的第四子朱棣在朱元璋在位时被封为“燕王”，燕就是现在的北京。因为朱元璋立的太子朱标在朱元璋死前去世，朱元璋很是悲痛。看到14岁的朱允文很孝顺，日夜为父亲守灵，很感动，（古代都以仁孝为先）加上朱允文是朱标的嫡子，所以立朱允文为皇太孙也是顺理成章。朱允文登基后觉得藩王制度对中央的威胁很大，容易造成尾大不掉之势，下令削藩。这引起了众藩王的不满，于是朱棣以“清君侧”的名义起兵攻打南京，后来取得胜利，篡夺了皇位。而他的发迹地在北京，所以下令迁都北京。因为古人认为惊动先人是不敬的行为，所以没有把朱元璋的陵墓迁至北京。
朱元璋的墓在南京孝陵,因为他建国后定都南京,所以葬在南京是情理之中的事情。但是朱元璋对南京这个都城却是始终不是非常满意的。
朱棣登基前一直在北京(北平)做燕王,自然对北京有感情,夺了侄子的皇位后,又考虑到北征蒙古,迁都北京也是必然的。
其后明朝的皇帝就葬在新都北京了。后来的清朝也一样,努尔哈赤和皇太极的墓在沈阳,顺治迁都北京,所以后来的皇帝葬在北京。
关于明朝迁都的事情是这样的:
朱元璋登基称帝前后，对于国都的确定几经周折。最初朱元璋参加农民起义军后，一直活跃在江淮之间。
然而这里土地贫瘠，民生艰苦，而且接近元朝的军事力量，不利于自己的发展壮大。为了谋求更大的发展空间，成就不世之伟业，必须另择一个既有经济保障又地形险要的根据地，这样金陵就进入了朱元璋的视野。金陵，北有长江天堑，为形胜之地，三国吴，东晋，南朝宋、齐、梁、陈，五代十国的南唐都曾以此为都城。
冯国用首先向明南京城墙朱元璋建议攻取金陵，“金陵龙蟠虎踞，帝王之都，先拔之以为根本，然后四出征伐，倡仁义，收人心，勿贪子女玉帛，天下不足定也”。陶安也建议先取金陵，据形势以临四方。叶兑也上书请求定都金陵，然后就可以拓地江广，进军两淮，北征蒙古，退军又可以据长江以自守。
元至正十六年（1356），朱元璋听取谋士的意见，攻取金陵，改称应天府，修建宫殿，以此为争夺霸业的基础。此后十余年间，朱元璋南征北战、四出征讨，将江南群雄依次消灭。洪武元年（1368）正月，朱元璋在应天称帝，在即位诏书中称应天为京师。
然而朱元璋只是暂时肯定了应天作为京师的地位，并没有正式确立国都。
作为自己成就霸业的地方，朱元璋为何不肯确立应天为国都呢？首先，朱元璋觉得以应天为国都的历朝都是气数不久，似乎不太吉利。其次，有些大臣认为“有天下者，非都中原，不能控制奸顽”，而且应天偏处江左，在位置上作为国都不是十分理想。三月，朱元璋派兵攻取汴梁。
许多人建言定都汴梁。朱元璋很重视，于四月亲自前去实地考察。他认为汴梁虽然位置适中，但是无险可守，四面受敌，论形势不如应天。八月，朱元璋正式下诏，以应天为南京，汴梁为北京。朱元璋既然对汴梁不甚满意，为何又要定为北京呢？原来他考虑到汴梁是宋朝的旧都，北上征讨元朝时可以唤起北方民众的民族情感，有很大的号召力；而且当时西北未定，需要将汴梁作为运送粮草和补充兵力的基地。
虽然确定了应天、汴梁的两京制度，但是朱元璋并没有修建汴梁的打算，他还在寻找更加合适的地方。洪武二年（1369）八月，平定陕西。在这种情况下，定都之议再起。九月，朱元璋召集大臣商议国都之地。大臣各抒己见，主要集中在长安、洛阳、应天、汴梁、北平等地，“或言关中险固，金城天府之国；或言洛阳天地之中，四方朝贡，道里适均，汴梁亦宋之旧都；又或言北平元之宫室完备，就之可省民力”。
朱元璋在分析各地利弊之后，提出了以临濠为中都的想法，“所言皆善，惟时有不同耳。长安、洛阳、汴京，实周、秦、汉、魏、唐、宋所建国，但平定之初，民力未苏息，朕若建都于彼，供给力役悉资江南，重劳其民。若就北平，要之宫室不能无更，亦未易也。今建业长江天堑，龙蟠虎踞，江南形胜之地，真南京莫愁湖胜棋楼（传说太祖与徐达在此下棋）足以立国。
临壕则前江后淮，以险可恃，以水可漕，朕欲以为建中都，何如？”临濠在元朝时称为濠州，洪武七年改称凤阳，是朱元璋的家乡，群臣岂敢有异议？这样，明初就形成了南北两京、中都并存的情况。从九月开始，朱元璋下令仿照南京规制在临濠营建中都。他之所以决定以临濠为中都，甚至一度想迁都临濠，除了这里是他的家乡，还与优待淮西功臣集团有关。
众所周知，朱元璋在起兵反元建立明王朝的过程中，淮人多随同他东征西讨，立下功劳，成为开国功臣，包括丞相李善长、徐达和功臣汤和、耿君用、耿炳文、郭兴、郭英、周德兴、常遇春、陆仲亨、曹震、张翼、陈桓、谢成、李新、何福、张龙、张赫、胡泉、陈德、王志、唐胜宗等人，其中汤和与周德兴还是朱元璋同村伙伴。
能够光宗耀祖、荣归故里，当然是他们所愿意的。
然而洪武八年（1375）四月，朱元璋在巡视中都修建情况后，突然下令停止修建。此时中都修建达6年之久，已经颇具规模。停建的理由是劳民伤财，其实更深层次的原因是朱元璋与淮西功臣集团矛盾日益加剧。
淮西功臣恃功自傲，多有违法乱纪之事，而且在朝廷中结党谋取私利，与朱元璋加强皇权背道而驰。他担心在淮西功臣集团的老家建都，会更加助长他们势力的膨胀。洪武十一年（1378）正月，朱元璋下诏改南京为京师，定都问题才算告一段落。
其实，朱元璋对南京一直不是很满意，迁都的想法从来没有打消过。
洪武二十四年（1391），朱元璋派太子朱标巡视关中，颇有迁都关中的打算。当时，明朝的主要威胁是蒙古草原上的北元残余力量。迁都西北，可以加强北方边防，安定边界。朱标考察了西安和洛阳，比较两地地形，回来后向朱元璋献陕西地图。不料世事无常，太子朱标于第二年病逝，使朱元璋受到沉重的打击，再也没有精力和心情考虑迁都的问题了。
他在当年年底亲自撰写的一篇祭灶文中，表达了万般无奈的心情：“朕经营天下数十年，事事按古就绪。维宫城前昂后洼，形势不称。本欲迁都，今朕年老，精力已倦，又天下初定，不欲劳民。且兴废有数，只得听天。惟愿鉴朕此心，福其子孙。”听起来真是异常的凄凉，也能感觉到国都问题一直令朱元璋不能释怀。
朱元璋虽然有过犹豫，但最终以南京（当时称应天）为京师。朱棣则长期生活在北平，视北平为龙兴之地。即位之初，他仍以南京为京师，但对北平感情很深，因此永乐元年（1403）正月，礼部尚书李至刚建议将北平升为陪都，朱棣非常高兴，改北平为北京，称行在。
朱棣刚刚用武力夺得皇位，担心人心不稳，并没有立即提出迁都，而是逐步逐项解决迁都的明清北京内城中轴线示意图外围问题。永乐元年，设置了北京留守行后军都督府、北京行部、北京国子监等衙门，为向北京运粮重开海运，迁徙他处富民到北京。因为海运风险较大，朱棣又于永乐二年下令疏通运河。
永乐四年（1406），他下诏修建北京宫殿，从四川、湖广、江西、浙江、山西等地采集木材。不过这次并没有提出迁都，而是以准备北巡的名义。
真正表明朱棣迁都决心的是在永乐七年（1409）。这一年，朱棣巡幸北京。这次巡幸，朱棣在自己身边设置了行在六部、都察院，与南京各自形成一套系统。
另一件事更可以彰显他的心迹，即为徐皇后在北京选建陵寝。徐皇后于永乐五年（1407）病逝。对于这位与他同甘共营建紫禁城所用斗尺苦、患难与共的徐皇后，朱棣并没有把她安葬在南京，而是在北京昌平为她建造陵寝，也就是后来他也下葬的长陵。细细品味，就会发现朱棣已经决计要回到他兴起的地方。
经过十几年的经营，北京的经济得到了繁荣，疏通的运河保证了粮食的运输，北京周边的军事防御力量也得到了加强等，这些前期措施使得迁都北京水到渠成。永乐十四年（1416）十一月，朱棣公布了迁都的想法，自然得到了朝臣的一致拥护。永乐十五年（1417）开始大规模营建北京，至十八年基本完工，前后用了三年多的时间，永乐十九年（1421）正式迁都北京。
然而事情并非一帆风顺。永乐十九年四月初八日，北京新宫中的奉天、谨身、华盖三大殿遭雷击起火，化为灰烬。朱棣以为是上天示警，下诏求直言反省。其实许多大臣家在南方，本来就不愿意迁都，因此借此事交相上疏反对迁都。朱棣很不满，甚至杀死了言辞激烈的萧仪。
反对迁都的大臣不再敢指责皇帝，转而攻击那些拥护迁都的大臣。双方争辩激烈，朱棣命他们于午门外跪着辩论。户部尚书夏原吉为稳定局面，主动将责任承担下来，才逐渐缓和了矛盾，迁都之议平息下来。
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朱元璋的都城在南京，陵墓自然也在南京，就是今天南京的孝陵，位于中山陵旁边。
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