药物流产的副作用并不少，最小的也容易引起月经失调，表现为月经周期缩短或延长，月经量增多。而对于未生育的妇女来说，如果反复使用，不仅容易引起感染或大出血，还有可能导致不孕，造成终身遗憾。
其实，不管手术刮宫还是药物流产，除了对肉体上的损伤外，其引起的激素变化对人体的伤害也是难以察觉的。肉体上的损伤很快就可以修复，但内分泌变化对人体的打击却不是一天两天就能恢复过来的。瓜熟蒂落的分娩，是按一定规律进行的，机体对此有充足的适应与准备时间，而人为的中断怀孕，机体由于内分泌功能突然急骤下降，没有一个缓慢的适应过程，这对人体隐性的打击才是最大的。
而且，由于药物流产会留下一定的并发症，因此，目前医学上规定，药物流产只能在具有一定设备的医疗保健机构中使用，以便在出血多或出血时间较长的情况下进行手术刮宫抗感染、输液和输血治疗。所以，千万不要轻易应用或在家用随意滥用，应该由有经验的妇产科医生根据具体情况来做决定。
药流造成继发不孕的现象还是比较高的，在继发性不育的角度来说，药物流产可能比人流更厉害。人工流产造成继发还是原发，常见的有几个可能性，一个是炎症造成的，有的人做药流或人流没有注意卫生，或到小的医院做的，卫生条件比较差，这样做完以后，又没有吃消炎药，有的人就感染了，这样就造成以后的盆腔炎附件炎，而且造成输卵管不通的，还有的做完后没有注意个人的问题，这样又造成感染的机会，这也会造成不孕，还有的人，药流以后因为改变了他的内分泌水平，就造成不排卵，有的人说做完药流以后就闭经了，这样把内分泌水平改变了，不排卵了。再有是免疫因素，有的产生抗体了，就会抵制胚胎的发育。我们这个门诊，我们旁边是妇产科，有经常到那做人流药流的，他去年还做人流药流呢，结果今年来看不孕症了，有的女孩子怀孕了，她要求做人流药流这样的，我们都要问她的年龄，婚姻的情况，能够保下来还是尽量不要做，因为我们觉得真是要做了，可能造成不孕症可能会后悔的。女性有一个最佳的生育年龄，如果错过了，可能对她今后的生育会有影响。我认为最佳的生育年龄，女性还应该是小于28岁，这样会好一些，从女性的各方面机能都会很好，这样的小孩得病的少，而且比较健康，而且个人的精力也会比较旺盛。我举一个例子，在我们看不孕症里，我们有很多不管是男方还是女方，他们本身在家里的排行就最小的，这样等到他想结婚生孩子生不出来了，他就特别奇怪，怎么就到我这不能生了呢，我就问他，你母亲生育你的年龄，有的说现在都70多了，60多了，就是母亲的生育年龄就大，有很多是35岁以上的，实际上母亲的生育年龄大，对他也会有影响，特别是一些遗传因素，年轻的时候，遗传的因素就小一些，年龄大了，一个女性她的卵巢功能是在减退的，这样对他的受精卵和胚胎都是有一定的影响的，特别是一些女性，像家族有一些遗传的子宫肌肿瘤、子宫内膜移位症都是跟遗传有关的，所以还是不要错过最佳的生育年龄，特别是家族有这个疾病史的，有的患者来了以后，他本身有卵巢囊肿，我就问她，我说你有姐姐吗，他说有，我说姐姐痛经吗，也痛，母亲痛不痛，母亲也痛，这个就是家族史，凡是有这种家族史的，更应该注意了，要尽量少做人流，因为做得越多，对自己的身体影响也越大。
