试管婴儿和自然怀孕生育一样，可能发生一些并发症，包括流产、宫外孕、畸胎、死胎等。但几十年的实践表明，这些并发症的发生几率同自然怀孕生育几乎没有差别。但相对于自然怀孕，试管婴儿的多胎率有显著的增加，早产率也有一定的增多，早产的发生则大都是由多胎造成的。
以下是试管婴儿和自然怀孕生育的一个比较：
试管婴儿 自然怀孕 说明
流产 14-30% 15-20% 稍有增多，可能是因为试管婴儿的妈妈的平均年龄较大的缘故
宫外孕 2-5.8% 3-5% 没有显著差别
早产 24-30% 6-7% 早产的增多与多胎及产妇年龄较大有关有关
新生儿体重偏轻 27-32% 5-7% 和早产有关
死婴 1.2% 0.6% 没有显著差别
新生儿死亡 2.7% 1.0% 和早产有关
畸形 0.8-5.4% 0.8-4.5% 没有显著差别
剖腹产 33-58% 10-25%和试管婴儿的妈妈的平均年龄较大及多胎增多有关的缘故
多胎 双胎 25-31% 1.2-4.5% 由植入多个胚胎造成，多胎的几率与植入的胚胎数显著相关
三胎 3-5.2% 0.012%
四胎 ＜0.5% 0.0001%
试管婴儿不特殊
有些人觉得试管婴儿和其他孩子不一样，其实这是一种误解，：
一、试管婴儿是夫妻亲生子女，接受治疗的对象要求必须是夫妻，所取的精子和卵子卵也来自夫妻双方，所以孩子肯定是该大妇亲生的。
二、试管婴儿不是在试管中长大的婴儿，试管婴儿是大家的一个俗称，实际上受精卵只在体外培养2－3天左右，形成胚胎后移植回母体子宫、着床继续发育形成胎儿，一样是十月怀胎，直至分娩。所以。试管婴儿是在试管中长大的完全是一个误解。
三、 对试管婴儿是否会健康的担心是完全没有必要的，试管婴儿与普通的婴儿没有任何区别，可以拥有健康的身体和聪明的大脑。
试管婴儿同普通怀孕的小孩没有任何不同，这有点早产的孩子，早产的小孩在怀孕的最后一段时间离开了母体，在人工环境（孵箱）中发育完全，而试管婴儿是在怀孕早期离开母体2-3天，在仿母体环境中受精发育，没有任何人会对早产儿另眼看待，同样，试管婴儿也没有什么特殊。
自从第一例试管婴儿诞生以来，经过几十年的实践和不断创新，“试管婴儿”技术已经成为一项最快、最有效的常规不孕症临床治疗手段，在欧美发达国家得到普及，全世界每年都有数十万对不孕夫妇应用该技术生出自己的小宝宝。
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