在全身支持疗法和抗结核药物的控制下，及时、彻底地进行手术治疗，可以缩短疗程，预防或矫正畸形，减少残废和复发。应很好掌握手术适应症和手术时机。一般患病早期多用非手术法治疗。在儿童如处理不当，往往发展较快，而适当的治疗，如严格控制负重活动，抗结核治疗，支持疗法等，往往能取得较好效果。要注意手术对患儿的负担大，四肢关节手术要注意影响骨骺的生长。
骨结核手术治疗有：
1.病灶清除术 此手术是直接进入病灶，完全或近乎完全将病变去除干净。
（1）病灶清除术的适应症：①病灶内有较大或较多死骨，不易自行吸收；②病灶内或其周围有较大脓肿；③有经久不愈的窦道；④单纯滑膜结核经非手术治疗无效；⑤单纯骨结核，有向关节内突破可能时；⑥脊椎结核合并有脊髓压迫症状时。
（2）手术时机 应视患者全身和局部情况而定。①患者必需有耐受手术的能力，无心、肝、肾、肺重要器官功能严重损害；②局部无急性混合感染；③经过一定时间的抗痨药物准备，最好是在经过2～4周抗痨药物治疗，全身症状消失或明显好转，血沉下降时进行手术。
（3）病灶清除术要点 单纯性滑膜结核，经手术去除病变的滑膜，术后牵引和固定一段时间，多能获得治愈并保全一定的关节功能。如病灶仅局限在骨内，可只作病灶清除，去除死骨、结核肉芽组织、脓汁等。在全关节结核，切除病变的滑膜，软骨及骨组织，消除死骨，结核性肉芽组织、脓汁等，有合并感染的还需要切除窦道及邻近疤痕组织。
2.关节融合术晚期全关节结核因关节严重广泛破坏已不能恢复活动功能，用手术方法清除病灶后固定于功能位，有内固定作用，病变得到治愈，关节不痛。
髋、膝、肩、踝等关节结核，如无合并感染，常在病灶清除后同时纠正畸形，融合关节于功能位，脊椎结核病灶清除后，于二期作后路融合手术。但如脊椎结核骨质破坏较少，无明显死骨，脓肿及窦道者宜在药物治疗下只作脊椎融合术。在肘关节，为要保持关节的活动度，只作病灶清除，关节切除即可。
如有合并感染（如有窦道），不应在清除病灶的同时作关节融合术，以防化脓感染的扩散，应在伤愈一段时间后，再考虑融合术。
3.寒性脓肿的处理为了防止自行突破引起合并感染及压迫器官，可采用反复抽吸法，即在局部浸润麻醉下，用较粗针头在较高位置穿入，经过一段正常组织，再穿入脓腔尽量抽吸脓汁，注入1克链霉素，封盖伤口，防止因穿刺而引起的窦道形成。
较大寒性脓肿形成，需手术治疗，切开脓肿，吸尽脓汁，沿脓腔探至骨关节病灶，清除死骨、肉芽组织、脓肿壁等。注入青、链霉素后缝合伤口，继续按所在的骨关节结核治疗。
4.纠正畸形如关节结核愈后骨性强硬，有严重畸形，应考虑截骨术纠正畸形。
5.截肢如患部骨关节广泛病变，合并感染，致患部完全失去功能时，经慎重考虑后施行。例如足部跟骨、距骨、舟骨等广泛结核破坏合并感染，足部严重畸形，使足完全失去功能，可考虑小腿截肢，配带假肢。在上肢极少考虑截肢。
积极的药物治疗也是必要的，苗寨生骨方由鹿角胶、穿山甲、蜈蚣、蛇蜕、蝉衣、僵蚕、牛黄、乳香等组成。还具有以下作用：1.改善过敏体质，促进机体接受抗痨药物。2.护肝理气，快速调整脾胃功能，促使药效更好地被吸收。3.恢复自身的修复能力，提高结核伤口的愈合能力。4.调整人体的内环境，调动人体自身的抗病能力。5.内外兼顾，标本兼治，彻底治愈不复发。
