因沙门氏菌病经粪口途径传播，故摄入污染了沙门氏菌的食物或饮料是唯一的感染方式。沙门氏菌在自然界有广泛的宿主，少数沙门氏菌对宿主有选择性，绝大多数对人和动物均适应，可寄居在哺乳类、爬行类、鸟类、昆虫及人的胃肠道中，种类繁沙门氏菌多的家养和野生动物的感染率在1%～20%以上。故各种家禽、家畜在喂养、屠宰、运输、包装等加工处理过程中均有污染的机会。如家禽、家畜屠宰时的卫生条件差，肠腔的沙门氏菌就可污染肉类。此外，肉类等也可在贮藏、市场出售、厨房加工等过程中通过各种用具或直接互相污染，其中在零售市场购买的生肉有1%～58%污染了沙门菌。蛋类或蛋制品的污染来源，可以是禽类卵巢或输尿管，也可以由粪便、肥料、泥土中的沙门氏菌穿过完整蛋壳进入蛋内。一般在许多由蛋混合制成的蛋粉或其他制品中，感染率相当高；乳类及其制品如冰淇淋、袋装熟食等也会受到沙门氏菌的污染。以上各种动物源性食物是引起沙门氏菌感染的最常见媒介物。以动物脏器为原料的某些生物制剂，如酶、激素、胆盐、食用染料等偶尔也会引起感染。发展中国家常常有水源污染造成的暴发流行，污水灌溉、生熟不分是散发或家庭集团内流行最常见的原因。人与人的直接传播常以护理人员的手、医疗器械为媒介，为医院内感染或幼托机构中暴发流行的主要原因。沙门氏菌经口进入人体，其后果与机体抵抗力、吞噬细菌的数量、血清型及其侵袭力有关。正常情况下，胃内酸度及饮食潴留时间、肠蠕动、覆盖粘膜上皮细胞的肠粘液与正常的肠道菌群等，构成人体的非特异性屏障功能。例如，肠粘膜所含糖蛋白、糖脂可阻止沙门氏菌吸附，肠菌产生的短链脂肪酸可抑制沙门氏菌生长。而暴饮暴食、酗酒、胃切除术后及服用抗酸剂、抗蠕动药、抗微生物药均增加人体对沙门氏菌的易感性。机体的健康状况在发病中起着重要作用，如包括巨噬细胞功能在内的细胞免疫机制，对抵御沙门氏菌感染有重要作用。患白血病、淋巴瘤、结缔组织病、艾滋病、网状内皮细胞“分闭状态”(如痢疾、镰刀细胞性贫血)及肝硬变等疾病时，沙门氏菌感染的发病率升高，感染后病情也较重。成人的致病菌量需高达10万以上，甚至10亿，而儿童和有原发病史者所需菌量则少得多。吞入大量的活菌，可引起显性感染，菌量很少时常呈暂时的带菌状鼠伤寒沙门氏菌态。沙门氏菌性胃肠炎时，小肠是主要的病变部位，但也可累及结肠，引起痢疾样症状。沙门氏菌具有侵袭性，引起粘膜炎性反应，伴粘膜下层中性粒细胞浸润，有时可深至固有层。炎症细胞产生和释放前列腺素，使腺苷酸环化酶活性增高；沙门氏菌分泌肠毒素，直接刺激环化酶系统，使肠液分泌能力大大增加，超过肠道重吸收能力，引起腹泻。沙门氏菌侵入血流可以是胃肠炎的并发症，但更多的患者却无胃肠炎这一前驱病变。血源播散的细菌可停留于任何部位，导致骨、关节、脑膜、胸膜或其他部位的化脓性病变。不同血清型细菌的侵袭力与致病力显著不同，鸭沙门氏菌仅引起无症状的胃肠道感染，而猪霍乱和鼠伤寒沙门氏菌常引起败血症和迁徙性病灶。
