抗生素的毒性反应临床较多见，如及时停药可缓解和恢复，但亦可造成严重后果，主要有以下几方面： 耐药性 长期时候抗生素后，病菌易产生耐药性，此时使用抗生素的效果就很差了
神经系统毒性反应 抗生素中还有的氨基糖甙类损害第八对脑神经，引起耳鸣、眩晕、耳聋；大剂量青霉素g或半合成青霉素或引起神经肌肉阻滞，表现为呼吸抑制甚至呼吸骤停；氯霉素、环丝氨酸引起精神病反应等。
造血系统毒性反应 氯霉素、氨苄青霉素、链霉素、新生霉素等有时可引起粒细胞缺乏症；庆大霉素、卡那霉素、先锋霉素等可引起白细胞减少；头孢菌素类偶致红细胞、白细胞或血小板减少、嗜酸性细胞增加。
肝、肾毒性反应 妥布霉素偶可致转氨酶升高；多数头孢菌素类大剂量可致转氨酶、硷性磷酸脂酶ⅰ和ⅱ升高；多粘菌素类、氨基甙类及磺胺药可引起肾小管损害。
胃肠道反应 服用抗生素药物后最先可能引起的就是胃部不适，如恶心、呕吐、上腹饱胀及食欲减退等。特别是四环素类中尤以金霉素、强力霉素、二甲四环素显著；大环内脂类中以红霉素类最重，麦迪霉素、螺旋霉素较轻；四环素类和利福平偶可致胃溃疡。
其它反应 抗生素可致菌群失调，引起维生素b族和k缺乏，也可引起二重感染，如伪膜性肠炎、急性出血肠炎、念珠菌感染等；
林可霉素和氯林可霉素引起的伪膜性肠炎最多见，其次是先锋霉素4号和6号
急性出血性肠炎主要由半合成青霉素引起，以氨苄青霉素引起的机会最多；
长期大剂量服用新霉素和应用卡那霉素引起肠粘膜退行性变，导致吸收不良综合症，使婴儿腹泻和长期体重不增，应预以重视； 在我国，抗生素确实已经到了滥用的地步了，合理使用时好的，但是滥用的话危害是很大的。
