智齿位于口腔最后方不易清洁的位置, 残留的食物残渣容易被细菌所利用来侵害人体. 在平时, 细菌造成的慢性感染会使牙龈发炎, 容易流血, 骨吸收, 蛀牙及牙痛, 最后因牙周病的牙齿松动或牙髓坏死而拔牙, 这时隔壁有用的第二大臼齿往往也会受到波及而造成不等程度的伤害,甚至拔牙, 这也是最可惜的地方. 在身体疲累虚弱或重病时, 细菌引起的急性发炎反应更是厉害, 轻者造成智齿周边红热肿胀, 疼痛不堪, 张口、吞咽、咀嚼困难及淋巴腺肿等等, 重者引起大范围感染肿胀之蜂窝织炎,化脓性肿胀及发烧恶寒等全身性症状,如未予以适当处置(抗生素及切开引流手术),甚至会有致命危险.
此外智齿若长不出来,残余的牙胚有可能会变性而形成口腔肿瘤. 空间不足时其牙胚可能会吸收前方第二大臼齿之牙根使强度减低, 影响其功能. 异位或萌出不全的智齿亦往往会对正常咬合造成干扰, 牵动下颌骨之肌肉必须常常作出异常收缩来避开此一干扰而使得肌肉及关节容易有发炎疼痛之现象.
