损伤重要组织结构：脑积水分流术误伤重要组织结构临床并不多见。而在手术时应注意用锐性脑穿刺针刺破硬膜后，及时更换成钝性脑室穿刺针，穿刺方向和穿刺深度一定要掌握准确，这样会避免误伤重要组织结构的发生。 并发颅内血肿：因为在脑室极度扩大、脑皮质菲薄的情况下，术中脑脊液流失过多，脑皮质迅速萎陷，就有可能撕裂桥静脉，发生硬膜下血肿。故对此类病人，当脑室穿刺成功后，要及时夹闭引流管，以防止脑脊液流失过多而致脑组织塌陷。另外，应注意选用流量及压力合适的分流管。 发热：脑积水手术后发热的常见原因有： ① 术后反应性发热：通常手术后24～48小时恢复正常。 ②感染性发热：由于细菌、病毒的毒力不同，发热类型亦不尽一致。 ③非感染性发热：可能为机体对引流装置的排异反应。脑脊液中蛋白含量过高(超过5 g/L)，在按压调节泵时(尤其为脑室-静脉窦分流术)，自体蛋白过多、过快地进入血中而引起发热。故当发现脑脊液蛋白含量过高时，则应选择其它类型的分流术式。 伤口不愈合：术后伤口长期不愈合，会增加感染机率，增加患者的痛苦。而术时因小儿头皮较薄，所以头皮压力泵不宜放在切口上;骨孔不应过大，少用生物胶等异物。术后拆线时间宜稍延长，拆线后，伤口继续用敷料包扎，直至伤口牢固愈合为止。否则，会引起伤口难以愈合。 阀门失灵及导管阻塞：在脑积水分流术时，术前应对引流管本身进行吸水试验，严格检查其性能，操作中注意勿损伤管壁，对分体式引流管，应注意将阀门两端联接处结扎牢靠，以防阀门失灵;因为导管长时间至于体内，因导管自身原因或脑脊液的影响，易发生阻塞，术后应定时按压阀门，以利脑脊液的循环及防止导管阻塞。
