部分省市规定了如下确认新型农村合作定点医疗机构的流程：(1)发布公告。县市新型农村合作医疗管理机构发布麟选定点医疗机构的公告，明确相关的条件、责任、义务、申报方式和时限等。(2)提出申请。医疗机构根据新型农村合作医疗定点医疗机构基本条件及有关规定，自愿向本县县级新型农村合作医疗经办机构提出申请，填报由卫生行政部门印制的《新型农村合作医疗定点医疗机构申请书》。(3)审核确定。由县级及县级以上新型农村合作医疗经办机构根据定点医疗机构条件，对提出申报要求的医疗机构所提供的书面材料进行审查。书面审查通过后，由县级及县级以上新型农村合作医疗经办机构组织经办机构工作人员对申报的医疗机构进行现场审査。(4) 签订协议。新型农村合作医疗经办机构对定点医疗机构实行协议管理。由市、县两级新型农村合作医疗经办机构与定点医疗机构共同签订协议。协议内容包括服务范围、服务内容、服务质量、费用结算、审核与控制的办法以及双方的权利、义务、责任等，协议有效期为1年。任何一方违反协议，对方均有权解除协议，但需提前1个月通知对方和有关参保人员，并报市级新型农村合作医疗经办机构备案。(5) 定点确认。由市级及各县（区）级新型农村合作医疗经办机构协商审核，一致通过后，由市级新型农村合作医疗经办机构下发文件确认新型农村合作医疗定点医疗机构，并报省级卫生行政部门备案，同时每年向社会公布一次。(6)考核变更。对定点医疗机构实行动态管理，每年由县（市）新型农村合作医疗管理委员会组织专家小组进行现场考察，并写出考察报告，达到基本条件的由县 (市）合作医疗管理委员会与定点医疗机构续签合同，达不到基本条件的取消定点医疗机构资料，待整改后重新申请确认。
