特发性低促性腺激素性功能减退症是由于GnRH缺乏所致。女性患者表现为原发性闭经和缺乏第二性征。当合并嗅觉缺失症时,这该疾病被称为Kallmann综合征。GnRH缺乏见于1/8000的男性和1/80000的女性,可能是性连锁遗传、常染色体显性遗传、常染色体隐性遗传,或是散发的。性连锁遗传的形式与KAL- 1基因突变相关,该基因编码一种叫作Anosmin的神经细胞连接蛋白,该蛋白被认为在胚胎发育过程中为GnRH 神经元从嗅板向下丘脑迁移过程中充当了“脚手架”的很重要的作用。同样,FGFR1突变也使神经元的迁移中断。因此,GnRH神经元无法到达下丘脑的指定位置。下丘脑-垂体的所有其他功能正常。最近研究人员发现,kisspeptin/GPR54系统的突变对于GnRH的分泌很重要,也可能引起特发性低促性腺激素性功能减退症。在这些患者给予补充雌激素治疗可以启动第二性征的发育,应用脉冲式的GnRH或促性腺激素疗法可能获得生育能力。