本病的主要病理改变为:门静脉内不规则排列的增生的小静脉即门静脉海绵窦样变、门静脉主干完全或部分血栓或癌栓形成引起门静脉闭塞,后导致肝外型门静脉高压症,肝门区或门体间形成大量侧支循环血管丛。CTPV的侧支血管来源于与淋巴管、胆管、血管伴行的小静脉和新生小血管。由于病变部位在肝外门静脉,肝脏本身往往正常或病变很轻微。因肝脏血流灌注不足,肝功能也可能有不同程度的异常。门静脉高压形成后,最主要的病理变化之一是在门静脉和体静脉之间建立许多交通支并明显扩张,血流量增加,一定程度上缓解门静脉压力。当门静脉阻塞范围较局限时,如仅为主干阻塞,门静脉海绵样变的侧支静脉可以跨过阻塞部位与肝内开放的门静脉分支相通,使肝脏的门静脉血流灌注保持正常。在门静脉阻塞范围较广时,尽管门静脉海绵样变的侧支静脉参与了门静脉循环,但侧支静脉代偿不足,仍可导致门静脉高压。