医院开设有南通市脑血管病康复中心、乳腺病诊治中心、椎间盘镜诊疗中心，与南京鼓楼医院合作开展心脏病诊治中心，与英国皇家矫形外科协会合作成立科灵国际骨关节病及人工关节置换中心，并与江苏省肿瘤医院建立长期技术协作关系。同时，医院积极对外拓展，先后与周边乡镇30多家基层卫生院建立业务合作。 医院注重引进和开展先进技术，努力加强专科建设，形成众多独具特色的医疗技术，如：苏北地区首家开展椎间盘镜微创手术治疗腰椎间盘突出，乳腺外科乳腺癌的早期检查和系列治疗，神经内科在全市唯一开展脑中风的早期康复治疗，心内科开展冠脉造影、支架植入、射频消融等介入技术治疗冠心病及心律失常，妇产科的热球仪微创治疗子宫出血，普外科的腹腔镜、胆道镜不开刀治疗胆结石，呼吸内科过敏性哮喘的过敏源检测和脱敏治疗，消化内科的食管曲张静脉套扎治疗上消化道大出血、食道球囊扩张支架治疗食道良性狭窄，肿瘤科开展的介入治疗、微波热疗，肾内科中西医结合治疗各种难治性肾病并开展血液透析治疗，儿科的中西医结合治疗小儿厌食、小儿哮喘、小儿腹泻，皮肤科采用中西医结合治疗老烂腿等。 在市内较有影响的专科有：市级重点专科一骨科，乳腺外科、神经内科、心内科、肾内科、消化内科、普外科、脑外科、儿科和市级重点建设专科一口腔科。
