免疫抑制剂的应用还有争议。一些临床医生在单独使用皮质类固醇不能控制病情、或患者有使用皮质类固醇的禁忌症时,倾向于将它们作为二线治疗药物。最常用的是硫唑嘌呤、甲氨碟呤、苯丁酸氮芥(0.1mg/kg/日,通常4–6mg/日),环磷酰胺(1–3mg/kg/日),环孢素(1–5mg/kg/日)及麦考酚酸莫酯(1.5–3.0g/日)。为增加有效性,减少毒副作用,硫唑嘌呤的剂量(0.5–2.5mg/kg/日)应当根据硫代嘌呤甲基转移酶(thiopurine methyltransferase,TPMT)的水平作相应调整。应根据药物的不良反应、病人的整体状况和医生的经验选择合适的免疫抑制剂。