症状在历史上，鼠疫常会在特定时间从特定地区（如东非）突然爆发，但为何会如此？答案一远一近：即气候变化造成动物繁衍迁移传播，以及跳蚤的跨物种传染。
气候变化由美国疾病防治中心主导，并对尚存野生动物瘟疫源所做的现代研究已证实，鼠疫的爆发大部分是突如其来的严重气候变化而引起。降雨过多是造成鼠疫蔓延的最大原因，如果是旱灾过后又降雨过度，更具爆发的可能性。
雨量过多时，植被生长将会增加，因此草食动物和昆虫将会取得较多食物。啮齿类动物亦会大量繁殖（包括那些带有鼠疫杆菌，但对病菌免疫之老鼠），并远远超过其掠食者能捕食控制的数量。在爆炸性的大量繁衍过后，为了找到觅食的地盘，这些动物的活动范围不得不更加扩大。于是在数个月内，这些带有鼠疫杆菌的野生动物就会向海浪一样四处向外扩散。不久，这些动物就会和其他不带鼠疫杆菌的啮齿类动物接触，并由跳蚤的吸血媒介作进一步跨物种传染。
跳蚤吸血的跨物种传染跳蚤虽然鼠疫是人畜共通的传染疾病，然主要的病菌媒介并非是老鼠本身，而是毫不起眼的跳蚤。啮齿类动物对鼠疫大多有免疫力，然寄生在它们身上的跳蚤则不然。跳蚤会死于鼠疫。不过讽刺的是，鼠疫的散播过程，其实是整个死亡过程本身。
跳蚤吸食啮齿类动物身上的带有鼠疫杆菌的血液后，其消化管部分会被一种由繁殖中的病菌与血块混合的东西所阻塞。病蚤乃开始肌肠辘辘而变得饥不择食，以致凡是会移动的生物──不论是否为平时的宿主类生物，他几乎都会往上跳吸食血液。但由于肠道被堵住无法消化的关系，病蚤除了无法止饥外，更会在吸血的同时吐出带有鼠疫杆菌的血液，因而将鼠疫杆菌传播至被吸血的宿主。最后病蚤会迅速地从一个宿主跳到另一个宿主，无所不螫，在执行一个不可能满足的任务之后，进一步把鼠疫传播开来。
所有的鼠疫，包括淋巴腺病不明显的病例，皆可引起败血性鼠疫，经由血液感染身体各部位，若病菌侵入肺部造成肺炎后，更会造成次发性肺鼠疫。感染者会把富含病菌的痰与飞沫传播，进一步扩大鼠疫病情，并造成局部地区的爆发或毁灭性的大流行。
1894年，中国华南爆发鼠疫，并传播至香港。两名细菌学家，法国人亚历山大·叶赫森(AlexandreYersin）及日人北里柴三郎分别在香港的病人身上分离出引致鼠疫的细菌。由于北里柴三郎的发现后来被发现有错误，现时一般认为叶赫森是首名发现鼠疫杆菌的科学家。1967年，鼠疫杆菌的学名改为Yersiniapestis以纪念叶赫森。
1898年，法国科学家席蒙（PaulLouisSimond）在印度孟买首次证明鼠及跳蚤是鼠疫的传播者。
