生殖器疱疹的症状并不一定是很明显的，尤其是在疾病早期的时候，患者初次感染疱疹病毒，并不立即表现出症状，首先有一段潜伏期，发病部位有灼热感，随后患者的皮肤出现丘疹，脓疱，一段时间后，脓疱发生溃烂，这时期的患者往往疼痛难忍，最后皮损处干结、结痂。男性感染生殖器疱疹常见于龟头、冠状沟等处，女性多见于阴道周围，通常是2型疱疹病毒感染，患者初次发病后往往伴发全身症状如头疼、淋巴结肿大等生殖器疱疹的症状。有些患者甚至全身发热。
生殖器疱疹患者一般会表现出相应的症状，根据病情有轻有重，患者会出现细菌感染等生殖器疱疹的症状，留下色素沉着。第一次发病后，患者如果没有进行治疗，皮损可以自行消退痊愈，但是这并不表明身体已经痊愈了，疱疹病毒仍旧寄存在体内，等到遇到外伤感染，身体免疫力低下时，又会重新发作，虽然症状比第一次轻，但常常带来其他并发疾病，并且在一年内可多次发作。
