1、疱疹病毒特殊附着性,传统治疗很难解除。生殖器疱疹的致病病毒(Ⅱ型单纯疱疹病毒)潜伏于神经节内,麻痹机体免疫调节机能,在机体各项免疫机能正常时时蛰伏待机,当机体调节机能紊乱、免疫功能低下时,病毒迅速激活,危害组织器官,在治疗上药物很难从神经节内清理病毒,治疗的同时对自身的损伤也较大。2、疱疹病毒极具伪装性,诱导机体防御功能。药效的发挥先要使得药物的有效成分进入血液,再随血液循环进入到组织细胞液中。再根据病毒的特征进行识辨并与其结合杀灭吞噬。临床表明病毒变异后可进行伪装,让机体无法识别,或释放假信号避免药物和免疫系统的杀灭,即使治疗也可能是暂时性的一种假象,很容易再次复发。3、通过性生活病毒随着体液经破损的粘膜或皮肤侵入上皮细胞内进行复制感染,破坏上皮细胞引起炎症和免疫反应。皮损消退时,病毒潜伏于骶神经根区,在受到某些因素激惹,如流感、酗酒、劳累、局部擦伤、性生活过度及免疫力下降等,病毒复活,沿受累神经移行至皮肤粘膜,引起疾病复发。生殖器疱疹的临床表现有很多:有典型病变特征;有不典型难以辨识的亚临床感染和带病毒者。