治疗溃疡一是要用药物治疗，二是生活起居要注意，多锻炼身体，保持积极乐观的情绪，与口腔溃疡有关的不良习惯要克服，这样大大有利于溃疡的康复。
出现口腔溃疡的原因有：⑴长时间地精神刺激、憋屈生气、化疗、理疗、洗血、熬夜、过度疲劳等。⑵吸烟、喝酒、喝饮料、吃辣椒等强刺激性食物。⑶长时间地受凉、受热和身体缺水。⑷常吃生冷、干硬、烧烤等食物。(5)吃刚摘收的小麦、玉米、白薯等粮食作物。（6）遗传因素也是发生口腔溃疡的一个重要因素。由于上述某一种或几种因素，导致植物神经紊乱，微循环通道堵塞，使某种或几种微量元素缺乏（VB2、VB6、B12 、VC等），致使某部位产生溃疡，特别是口腔部位最容易产生溃疡,其次是肛门和女性阴道部位。
长期应对措施：尽量杜绝或限制上述因素对身体的干扰和破坏，给自己身体始终造成一个良性微循环的环境，从根本上杜绝溃疡滋生的条件。目前这也是根除口腔溃疡的基本方法。
短期应急治疗措施：往溃疡面上点口腔溃疡散，或冰硼散，或六神丸，或口服溃疡灵胶囊，或合用云南白药外敷溃疡面。另外，补充微量元素（口服B2、VC、B6、B12等，短期很难达到效果，3～4个月才能起到作用，所以微量元素要直接涂在溃疡面上，这样效果会更好些），多喝稀饭，多饮水，多吃蔬菜和水果，以利修补微循环通道。涂抹“口疮灵”是治疗口腔溃疡的最佳方法(这种药正在申请专利，目前很难搞到)。一般患者涂抹一次就愈。用药方法：先用消毒棉签把溃疡面擦去，然后把口疮灵涂抹上去。不痛不痒，严重者三次就可痊愈，也没有副作用。
当前，正规医院也没有很有效的方法，对口腔溃疡的治疗方法虽然很多，但基本上都是对症治疗，目的主要是减轻疼痛或减少复发次数，但不能完全控制复发，治疗至少需要一个星期，多者一个月，甚至更长时间。 所以预防此病的复发是很重要的。