生物反馈在医学上的应用可以分为两大类
一类是利用反馈仪的信号来补充、完善体内的反馈联系通路，以达到加强对骨骼肌运动的调节能力和内脏器官活动的随意性调节；
另一类是间接作用，即通过反馈训练，改变个体的行为模式，以达到抗应激的作用。并非所有控制失调性疾病都能使用生物反馈来治疗，只有因反馈联系障碍所导致的控制失调性疾病才能用生物反馈术治疗。也就是说，只有反馈仪信号能可靠地反映控制失调状态的那些疾病，才能作为矫治对象。反馈仪能提供的反馈信号包括肌电、皮肤温度、皮肤电阻反应、脑电波、心率、血压、血管、容积、胃肠活动产生的压力和胃酸度等。对于某些反馈障碍来说，可以从上述反馈信号中找到特异性信号，例如肌电信号对于骨骼肌运动障碍，血压值之对于高血压病，心率信号之对于心律不齐。有些反馈障碍找不到特异性反馈信号，只能通过非特异性信号的反馈训练，间接地获得治疗。例如皮温反馈仪治疗偏头痛，肌电反馈仪治疗高血压。
生物反馈训练是通过影响整个应激系统而发挥其抗应激作用的，因此由于长期、过强应激反应而形成的疾病，例如大多数心身疾病和神经精神科疾病，都能通过生物反馈得到治疗或缓解。
生物反馈训练过程是一种学习过程。许多疾病和不良行为习惯的形成，是通过不良学习所形成的病态性条件联系(由于对不良行为的强化)。生物反馈的学习过程实际上是学习正确的操作性条件反射，是对病态性条件联系的对抗、纠正或逆转。因此应用生物反馈技术可以矫正不良行为和习惯(如酒癖、药瘾、咬指甲、手淫等)。
下面从临床治疗和术后康复两方面简述生物反馈技术的应用
1、紧张性头痛—前额肌电反馈放松训练，或对病人诉说有异常高的肌电活动的部位作肌电反馈放松训练。
2、偏头痛型血管性头痛—皮温反馈仪进行手指温暖训练；或先进行前额肌电放松训练，再进行手指温暖训练。
生物反馈法3、混合性头痛—先前额肌电反馈放松训练，后手指温暖训练。4、哮喘—前额肌电反馈放松训练。
5、雷诺氏病—手指升温反馈训练。
6、焦虑症—肌电放松训练，配合药物，如有手指冷的症状可结合皮肤升温反馈训练。
7、恐怖性神经症—以系统脱敏法、示范法等行为疗法为主；配合肌电反馈训练。可以增加系统脱敏疗法的效果。
8、失眠症—伴有紧张情绪的失眠者用肌电反馈结合松弛训练；无焦虑的失眠者用脑电图θ节律反馈或产生感觉运动节律(SMR)解决。
9、癫痫—SNR节律训练(感觉运动区记录到的12-14H2节律的脑电波，这种波的出现反映躯体肌肉的松弛)，α节律训练。
10、高血压—血压反馈训练或肌肉放松、手足温度升高训练。
11、心律紊乱—用心律反馈仪或心电图记录仪训练、控制心率。
12、腰背痛—先全身后局部肌电反馈放松训练。
13、磨牙症—前额、嚼肌肌电放松训练。
14、产妇焦虑—皮电与肌电全身放松训练，产前可进行腹直肌松弛、紧张双向练习。
15、皮肤病(神经性皮炎、湿性神经性皮疹，慢性荨麻疹等)—皮温反馈或皮电、肌电放松训练。
16、慢性疼痛—脑电波。节律反馈训练。
17、痛经、更年期综合征—皮温反馈训练。
生物反馈法18、糖尿病—肌电反馈放松训练作为辅助治疗。19、类风湿性关节炎—皮温反馈放松训练。
20、书写痉挛—先肌电、后皮温反馈放松情绪，结合书法练习和系统脱敏训练。
21、中风康复—肌电反馈训练肌肉，位置反馈训练运动，力反馈训练荷重。
22、手康复—肌电反馈帮助肌肉再训练。
23、面肌瘫痪手术(包括面神经直接修补、神经移植、肌内移植)后康复—移植区肌电生物反馈训练。
24、痉挛性斜颈—胸锁乳突肌肌电反馈放松训练。
25、成瘾及不良习惯(过量烟、酒、饮食、咬指甲等)—皮电或肌电反馈放松训练。
26、儿童多动征—用额肌肌电反馈放松训练配合药物治疗，也可用皮温反馈训练。
27、消化道溃疡—皮温、肌电生物反馈松弛情绪可缓解症状。无专用生物反馈仪；可用医生报告胃液PH值的方法作为反馈信号，使病人学会控制胃酸度和胃液量；但是鼻腔插入鼻胃管使病人感到不舒服。
28、大便失禁—无专用反馈仪。可在直肠内置放三球记录系统，由医生报告气球充气时病人控制直肠肛门括约肌收缩的情况(反馈信息)。也可用肌电、皮温、皮电反馈仪配合情绪放松训练。
29、其他，如过敏性结肠炎，肿瘤、肥胖症等，都可用生物反馈放松训练，通过情绪调整，配合药物与行为治疗，促进疗效。
