卵泡刺激素是一种糖蛋白,活性形式是糖基化的异源二聚体,由α和β两条多肽组成。黄体化激素,甲状腺激素,人绒毛膜促性腺激素等糖蛋白激素采用了与卵泡刺激素相似的结构。它们共享同样的α亚基(含92位氨基酸残基),而β亚基则随激素的不同而不同。卵泡刺激素的β亚基含有118位氨基酸残基,负责与卵泡刺激素受体的相互作用。卵泡刺激素表面的糖基化涉及海藻糖、半乳糖、甘露糖、半乳糖胺、葡萄糖胺、以及硅铝酸。其中,硅铝酸与卵泡刺激素的生物半衰期紧密相关。卵泡刺激素的半衰期为3至4小时。卵泡刺激素的分子量约为30000Da。