注射甲流疫苗后的保护率可达80%以上。接种的收益明显高于风险。对于有条件接种疫苗的人，当然是接种为好。 不过，任何一种疫苗都有产生不良反应的可能性。甲流疫苗是把甲流病毒接种到最适合它生长的鸡胚（也就是民间所说的“毛鸡蛋”）里。凭借着鸡蛋里的丰富营养，病毒迅速生长繁殖。之后再把这些病毒提取出来，加入灭活剂，使它们失去引发疾病的能力，但仍然保留了刺激人体免疫系统产生抗体的能力;最后再制成可以用于人体的疫苗。 在疫苗制作中，不可避免地会残留少量鸡蛋中的蛋白质，还有可能加入微量有利于疫苗质量稳定的佐剂。这些物质有可能成为过敏源或抗原，引起人体过敏等不良反应。所以，疫苗接种后出现注射部位红肿、全身皮疹和发热等反应很正常，几天后就会自愈。目前，各国接种甲流疫苗的严重不良反应极为罕见。 但对鸡蛋和硫柳汞过敏的人、以往接种过季节性疫苗并发生过敏反应的人、对硫酸庆大霉素过敏的人和严重过敏体质者不宜接种甲流疫苗。还需要提醒的是，接种一定要在指定的接种点或医疗单位进行，千万不要私自接种。 另一个让不少人忧心的问题是，对一些长期服药的慢性病患者而言，甲流疫苗是否会对所服的药物产生影响。 目前还没有监测到疫苗对一些治疗药物的影响。检索国内外医学文献，以往的流感疫苗偶尔可与茶碱、华法林和苯妥英等药物相互影响，降低这些药物在体内的代谢，使血中药物浓度升高，造成毒性反应。因此，新西兰医疗安全网引用近期《现代医生》中的文章，提醒医生要警惕那些在接受抗癫痫药、茶碱类药和华法林药物治疗的病人，在接种流感疫苗时所表现出来的毒性反应;正在接受这些药物治疗的患者在接种甲流疫苗后的一个月内，要注意监测血药浓度，根据血药浓度及时调整原有药物的治疗剂量。另外，使用免疫抑制剂的患者注射甲流疫苗可能会影响疫苗的效果。
