子宫内膜异位症需与以下几种疾病相鉴别：(1)子宫肌瘤子宫肌瘤常表现类似症状。一般子宫内膜 异位症痛经较重，为继发、渐进。子宫一致性胀大，但不甚大。如 伴发其他部位异位内膜时，则有助于鉴别。确诊困难者可试用药 物治疗，如用药1~2个月后症状迅速改善，诊断倾向于子宫内膜 异位症。应当指出，子宫腺肌病可与子宫肌瘤同时存在（约 10%)。一般术前较难鉴别，须待手术切除子宫的病理检査。(2)附件炎卵巢的子宫内膜异位症，往往误诊为附件炎 症。二者都能在盆腔形成有压痛的固着包块。但子宫内膜异位症 病人无急性感染病史，患者多经各种抗炎治疗而毫无效果。并应 详细询问痛经开始时期及疼痛程度。这种病例往往子宫直肠窝处 有异位内膜结节，如仔细检査当可查出，有助诊断。必要时可用药 物试探治疗，观察有无疗效来鉴别。一般在卵巢的子宫内膜异位 症，输卵管往往通畅。因此，可试用输卵管通水试验，如通畅，则可 排除输卵管炎症。(3)卵巢恶性肿瘤卵巢癌误诊为卵巢的子宫内膜异位 症，则延误治疗，故必须慎重。卵巢癌不一定有腹痛症状，如有往 往也为持续性,不像子宫内膜异位症的周期性腹痛。检査时卵巢癌为实质感，表面凹凸不平，体积亦较大。卵巢的子宫内膜异位症 还可能伴发其他部位的子宫内膜异位症，而兼有各该部位病变的 体征。对于不能鉴别的患者，年龄大的应实行剖腹探査，年轻的可 短时按子宫内膜异位症治疗，以观察疗效。(4)直肠癌当子宫内膜异位症侵犯直肠、乙状结肠而范围 较广时，往往在该处形成硬块，造成部分梗阻，个别情况异位子宫 内膜侵及肠黏膜引起出血，则更似直肠癌。但直肠癌的发生率远 较肠子宫内膜异位症的发生率高。一般直肠癌患者体重减轻明 显，肠出血较频，与月经无关，无痛经。肛诊时肿瘤固定于肠壁，肠 壁四周皆狭窄。钡灌肠可见肠黏膜不平，钡充盈不良范围小。乙 状结肠镜检看到溃疡、出血，活检可确诊。肠子宫内膜异位症体重 不减轻，很少肠出血，个别出血也在月经期发生，痛经较重。肛诊 时黏膜与其底部肿块不相粘连，仅前壁发硬。钡灌肠显示肠黏膜 光滑，钡充盈不良范围广。
