根据《关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》 (国税函[2009 ] 221号）第二条的规定，预缴时，总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后按照《关于印发〈跨地 区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发[2008 ] 28号） 文件第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重，计算划分不同税 率地区机构的应纳税所得额，再分别按各自的适用税率计算应纳税额后加总计算出企业的应纳所得税总额。
  再按照《关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税 征收管理暂行办法〉的通知》（国税发[2008 ]28号）文件第十九条规定：总机 构和分支机构应分期预缴的企业所得税，50%在各分支机构间分摊预缴，50%由 总机构预缴。根据第二十三条规定：总机构应按照以前年度（1-6月份按上上年度， 7-12月份按上年度）分支机构的经营收人、职工工资和资产总额三个因素计算各分支机构应分摊所得税款的比例，三因素的权重依次为0。
  35、0。35、0。30。计算公式如下：某分支机构分摊比例=0。35 x(该分支机构营业收人/各分支机构营业收入 之和）+ 0。35x (该分支机构工资总额/各分支机构工资总额之和）+ 0。30x (该 分支机构资产总额/各分支机构资产总额之和）以上公式中分支机构仅指需要就地预缴的分支机构，该税款分摊比例按上述 方法一经确定后，当年不作调整。
  三因素及其权重，向总机构和分支机构分摊就地预缴的企业所得税款。汇缴时，企业年度应纳所得税额应按上述方法并采用各 分支机构汇算清缴所属年度的三因素计算确定。除《关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》（国发[2007 ] 39号)、《关于 企业所得税若干优惠政策的通知》（财税[2008] 1号）和《关于贯彻落实国务院关 于实施企业所得税过渡优惠政策有关问题的通知》（财税[2008 ] 21号）有关规定外， 跨地区经营汇总纳税企业不得按照上述总分支机构处于不同税率地区的计算方法计 算并缴纳企业所得税，应按照企业适用统一的税率计算并缴纳企业所得税。
  所以，总分机构适用不同税率时，请按以上文件规定执行。需要注意的是，根据《关于印发〈跨省市总分机构企业所得税分配及预算管 理办法〉的通知》（财预[2012] 40号）规定，自2013年1月1日起，跨省市总 分机构所得税分配将发生改变，企业应及时关注变化，以使正确申报。