(1) 纤维支气管镜引导下气管插管术：在为重病人抢救、需要紧急气管插管而遇有特殊情况（如胸廓畸形、肥胖、颈短、头颈外伤、颈椎或颂面部骨折、咽部肿瘤等）用直接插管困难的病人，更可取的办法是用纤维支气管镜作引导经鼻或口来完成插管，病人痛苦小，可避免盲插导管带来的咽喉和声门损伤。技术难度大的双腔气管插管，以纤维支气管镜引导可以顺利完成。气道烧伤除可用纤维支气管镜鉴定损伤程度外，还可在喉头水肿前完成预防性气管插管。
(2) 清除呼吸道分泌物、异物，治疗肺不张：ICU的重症呼吸道感染病人；或胸腹部大手术后因疼痛等影响咳嗽排痰，大量分泌物潴留者；或胃内容物反流误吸者；或大咯血导致肺不张发生呼吸困难者；或呼吸衰竭病人行机械通气治疗过程中，呼吸道管理不善，造成肺不张的病人，都可用纤维支气管镜吸引清洗治疗，改善通气和缺氧。
(3) 支气管冲洗和注药治疗：对于重症呼吸道感染，特别是支气管化脓性炎症，可釆用纤维支气管镜抽吸、冲洗、清除黏稠的分泌物和脓液，将抗菌药物直接注入病变肺叶或肺段支气管内，配合全身用药，提高疗效。也可经纤维支气管镜取标本送细菌学检查、药敏试验等，以帮助选择抗生素。
(4) 纤维支气管镜支气管肺泡灌洗治疗与检查：经纤维支气管镜支气管肺泡灌洗既可用于某些重症疾病如弥漫性肺浸润性疾病的诊断；也可用于某些重症病人，如重症支气管哮喘持续状态怀疑有气管内黏液栓形成、肺泡蛋白质沉着症、支气管肺部感染性疾病和呼吸衰竭。大咯血病人行纤维支气管镜检查，可查明出血部位和原因，并可进行治疗。
(5) 经纤维支气管镜肺活检：对进行性呼吸困难，双肺呈弥漫性改变的病人，为明确病变性质进行经纤维支气管镜肺活检,
以协助诊断。
(6) 经纤维支气管镜行局部介入治疗，如支气管腔内放疗、气道内支架的置放等。
