衣原体和支原体在泌尿生殖系统被称为沙眼衣原体和脲解支原体，实际上就是非淋菌性尿道炎的主要病原体，属性传播疾病的一种。但并非都是通过性接触传播，衣、食、住、行均可感染这两种病原体，当然不洁性行为感染率最高，目前在我国已排位在淋病及尖锐湿疣之后，且还在不断地上升。因为衣原体和支原体感染所致的尿道炎是属于性传播疾病，所以它与性生活就有密切的关系。应该说绝大多数是通过性活动而感染的，男女相互交叉感染，女性更容易传染，可能是男性的4倍。
近年来，支原体和衣原体成为非淋菌性尿道炎的重要因素。在性混乱群体，由于他们往往有较高的性交频率，性器官长期处于充血状态。这使得他们的性器官对病原体的抵抗力下降，他们就比正常人更容易出现支原体和衣原体感染，出现非淋菌性尿道炎。
无论男女，生殖器官如果出现任何炎症、感染，都有可能影响生育、导致不孕不育。支原体能产生神经毒素，可干扰精子与卵子的结合。这就是支原体感染引起不孕不育的原因之一。所以，支原体感染时，是有可能造成不育的。
权威专家认为，即使是尿道检验出支原体、衣原体阳性，也并非都是病人：流行病学调查表明，34％正常男性可分离到解脲支原体；解脲支原体在孕妇下生殖道的寄居率可高达50%～80%。如果真的可以“在它发病之前把它从体内清除出去”那当然很好，但在大多数的情况下，这是不可能的。寄生在人体的各种各样的微生物可以说是伴随着人的一生的。支原体和衣原体是可以在正常人中寄生的，它们和众多其它寄生微生物相互制约，达到一种平衡，使得相互的数量受到控制，不至于对人体造成影响，这就是医学上所说的“菌群平衡”。如果滥用抗生素，破坏了原有的“菌群平衡”，反而会出现让某些微生物的数量剧增，引至其它感染发生。
