能抑制和杀灭病原微生物生长繁殖，提高机体抵抗力，用于治疗感染性疾病的中草药，都属抗菌中草药。抗菌中草药多含生物碱、黄酮类以及香豆精等有效成分，能抑制和杀灭多种病原微生物。常用的有以下数种：
（1）黄连和黄柏主要成分为小檗碱（黄连素），具有广谱抗菌作用，对多种革兰氏阴性菌及阳性菌，如痢疾杆菌、肺炎双球菌、金黄色葡萄球菌、链球菌等具有抑制作用。常用于肠炎、肺炎、血尿、疮疡肿毒等病症。
（2）黄芩性苦寒，功能清湿热、泻实火，并能止血安胎。黄芩对大肠杆菌、变形杆菌、绿脓杆菌、牛、羊、猪三型布鲁氏菌等革兰氏阴性菌及金黄色葡萄球菌、肺炎球菌等革兰氏阳性菌有抑制作用，特别是对葡萄球菌和绿脓杆菌的抑制作用较强。常用于治疗肠炎、布鲁氏菌病、肺炎、流感及炎肿等。亦可用于预防雏鸡白痢。
（3）金银花性甘、寒、功能清热解毒。主治温病发热，痈肿疮毒，热毒下痢，咽喉肿痛等。其抗菌作用系含有异绿原酸及忍冬苷等抗菌成分，对金黄色葡萄球菌的抗菌作用最强，绿脓杆菌、大肠杆菌等次之。用于流感、肠炎、热性传染病及创伤感染的治疗。
（4）板蓝根及大青叶性苦寒，功能清热、解毒、凉血。对枯草杆菌、金黄色葡萄球菌、八联球菌、大肠杆菌、肠炎杆菌、溶血链球菌均能抑制。对流感病毒也有一定作用。常用于细菌性感染、肺炎、肠炎、血痢、猪肺疫等。
（5）连翘为木樨科植物连翘的干燥果实，性苦、微寒，具有清热、解毒、散结、消肿功能。对金黄色葡萄球菌具有较强的抑制作用，对肺炎双球菌、大肠杆菌、溶血链球菌等也具有抑制作用。对流感、肺炎、肠炎等症有一定治疗作用。
（6）穿心莲对肺炎球菌、金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、变形杆菌、绿脓杆菌、钩端螺旋体等均有有抑杀作用，还可增强动物体内的免疫功能，具有解热抗炎作用。该品全草经提取制成注射液已广泛应用于临床。
（7）鱼腥草含有癸酰乙醛而具有广谱抗菌作用。对金黄色葡萄球菌、肺炎双球菌、溶血性链球菌等革兰氏阳性菌及流感杆菌等革兰氏阴性菌均有较强的抑制作用。用于肺炎、支气管炎、尿路感染、仔猪白痢及外伤感染等疾患。
另外，大蒜、蒲公英、紫花地丁、马齿苋、千里光、野菊花、大叶桉等中草药也都有一定的抗菌作用，被广泛应用于畜禽疾病的预防和治疗。
