1．会计电子档案对环境的依赖性强。会计电子档案的使用依赖于计算机的硬件和软件系统，会计电子档案的储存对周围环境要求苛刻。磁性介质对环境的要求较高，不仅要防水、防火，还要防尘、防磁，而且对温度还有一定要求，从而增加了数据的脆弱性。如果不在数据安全方面加强管理，则数据丢失和毁损的可能性较之手工会计系统大大提高。
2．会计电子档案缺乏直观可视性。传统的会计档案具有直观可视性，而存储在磁性介质上的会计电子档案必须在特定的计算机硬件和软件环境中才能可视。数字化的特征使会计电子档案缺乏视觉的直接感染力，导致会计电子档案与会计信息使用者之间缺乏人性化的和谐关系。
3．会计电子档案具有技术性。技术文档主要是指与会计电子档案的设计和使用密切相关的技术性文档，解释会计电子档案的设计和运行情况。技术文档主要分为开发性技术文档和使用性技术文档。开发性技术文档主要描述会计电子档案系统开发过程中的各种分析、设计情况。
使用性技术文档主要用来指导用户对会计电子档案系统进行操作、利用。 4．会计电子档案控制的复杂性。一般来说，信息化程度越高，采用的程序化控制要求也越多。目前我国常用的程序化控制有计算机软件控制、输入数据的机内检验等。会计电子档案系统控制技术的复杂性表现在系统人工控制与各类程序化控制相结合。
5．会计电子档案管理缺乏有效的安全与保密措施。从电子数据的数据结构来看，电子数据具有数据高度集中的特点，因而非常容易泄密。传统会计实行纸质档案管理，在网络时代，新型磁性介质档案管理将取代纸质档案管理成为新的管理方式。电子数据是以数字编码的形式存储在各种磁性介质上的，而磁性介质不但体积小而且存储容量大，因此电子数据资料非常容易泄密，并且泄密的危害性大、范围广、涉及的时间长。
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